根据第九届全国人民代表大会第一次会议批准的《国务院机构改革方案》和《国务院关于机构设置的通知》（国发〔1998〕5号），国防科学技术工业委员会设12个职能司（厅）：

（一）办公厅

组织协调机关的政务工作；制定机关的工作制度；负责机关的文秘、机要、档案、信息、会务、保卫、保密、信访、提案工作；负责机关的财务、资产管理；承办国务院中央军委专门委员会办公室日常事务；指导协调国防科技工业的国家安全、保卫、保密工作。

（二）政策法规司

研究拟定国防科技工业发展和军转民的方针、政策；组织起草有关法律、法规和其他重要文件；研究国防科技工业的重大问题，组织国防科技工业软科学研究；制定行政规章；指导军工行业的法制建设。

（三）体制改革司

组织研究和实施国防科技工业体制改革；组织军工企业事业单位实施战略性重组；组织国防科技工业的结构、布局、能力调整、企业集团发展和企业改革工作。

（四）综合计划司

研究拟定国防科技工业的发展规划、结构布局、总体目标；组织编制国防工业建设、军转民规划和行业发展规划；安排固定资产投资项目；安排国防军工科研、固定资产投资、三线调整搬迁和各专项计划；组织重大研制、建设、利用外资项目的论证；负责国防科技工业运行信息收集、经济分析和统计。

（五）财务司

研究国防科技工业和军转民的财税政策；编制国防工业科研、建设事业和民用航天等各项费用的年度预算、决算；组织资金调度、结算；负责国防工业的成本控制、国有资产管理、财务监督和有关军品价格管理；指导企业扭亏增盈。

（六）科技与质量司

研究国防科学技术的发展趋势和体制改革；组织国防工业技术基础、高新技术、重大科技项目、军民两用技术的研究；组织国防工业科研成果、专利的保护和推广；组织国外先进军工技术的引进和应用；制定国防科技工业的质量、计量标准和安全、技术规范并监督检查；组织科研、生产、设计、建设的质量保证体系认证；负责军工科研院所技术改造计划的组织实施与项目执行情况的检查。

（七）系统工程一司（国家航天局）

组织航天、民用部门军品科研生产的资格认定和许可；审核科研生产单位与军方签订的订货合同并按合同组织落实，监督、检查合同的执行；协调军工电子科研生产任务的落实；指导军工电子的行业管理；组织实施军品研制保障条件建设和军品生产线改造并检查执行的情况；负责民口军品配套和整机研制。

（八）系统工程二司（国家原子能机构）

组织核、兵器军品科研生产的资格认定和许可；审核科研生产单位与军方签订的订货合同并按合同组织落实，监督、检查合同的执行；组织国防工业军用核设施的安全审查，军品研制保障条件建设和军品生产线改造并检查执行情况。

（九）系统工程三司

组织航空、船舶军品科研生产的资格认定和许可；审核科研生产单位与军方签订的订货合同并按合同组织落实，监督、检查合同的执行；组织实施军品研制保障条件建设和军品生产线改造并检查执行情况。

（十）民品发展司（核电办公室、国家核事故应急办公室、民爆器材管理办公室）

组织核电建设、同位素生产；统一管理民用爆破器材生产和流通；实施行业管理；研究军转民的发展战略；组织实施军转民发展规划和重大民品项目；编制军转民指南；指导军转民科技开发和技术改造工作。

（十一）国际合作司

组织管理国防科技工业的对外交流与国际合作；组织军工企事业单位的军品出口；负责军品出口合同和军贸许可证的管理；承办国际航天组织、国际原子能机构和联合国和平利用外层空间委员会科技小组的工作事务；负责机关的外事工作。

必要时可使用“军品贸易出口办公室”印章。

（十二）人事教育司

管理机关和直属单位的机构编制、人事和劳动工资；组织国防科技工业人才教育、培训和交流。

机关党委。负责机关和在京直属单位的党群工作 。