（一）办公室（组织人事科）。负责机关日常运转，承担信息、保密、政务公开、档案等工作。督促检查水利重大政策、决策部署和重要工作的贯彻落实情况。负责机关并指导所属单位的机构编制、人事人才、队伍建设、劳动工资、教育培训、绩效管理、信访等工作。负责机关和所属单位的党群工作。负责离退休干部工作。

（二）财务审计科。指导水利系统财务会计和内部审计工作；负责编制市级水利部门预算并监督执行；负责市级水利资金的使用及监督管理；指导水利行业国有资产的监督管理工作；提出有关水利价格、收费、基金、信贷的建议；负责机关和所属单位财务管理、内部审计工作及所属单位领导干部的任期经济责任审计工作。

（三）水政水资源科。组织起草水利规范性文件草案，负责规范性文件的合法性审查、备案并监督实施；指导法治水利建设和依法行政工作；指导行政执法工作；承办局行政复议、行政诉讼和行政赔偿工作；指导水利系统法治宣传教育和普法宣传工作；组织指导有关防洪论证工作；负责洪水影响评价类、取水许可、生产建设项目水土保持方案、河道采砂及管理范围内从事有关活动、水利项目设计文件审查等行政审批工作，并限时办结。指导流域和区域骨干河道、湖泊、水库及河口的开发；指导河湖水生态保护与修复以及河湖水系连通工作。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，指导开展水资源有偿使用工作；组织水资源承载能力监测预警工作；组织编制并发布市水资源公报；指导水量分配工作并监督实施，指导河湖生态流量水量管理；组织编制水资源保护规划，指导饮用水水源保护有关工作，按规定核准饮用水源地设置；负责地下水开发利用和地下水资源管理和保护；参与编制水功能区划和指导入河排污口设置管理工作；指导水利行业供水、排水、污水处理工作；指导雨洪资源利用的工程建设与管理。组织编制并协调实施节约用水规划，拟订行业用水标准并监督实施；组织指导计划用水、节约用水工作；组织实施用水总量、用水效率控制和定额管理制度；指导和推动全市节水型社会建设工作；会同相关部门指导农业节水工作。指导城市污水处理回用等非常规水源开发利用工作。

（四）规划建设科（水利工程建设招标投标管理办公室）。拟订全市水利发展规划，组织或配合编制流域（区域）水利综合规划、专业规划、专项规划并监督实施，参与市际县际边界水利规划协调；负责全市水利重点工程投资计划的综合平衡；拟订市级水利固定资产投资计划；组织编制水利建设项目建议书、可行性研究报告；组织实施市水利建设投资计划，承担水利基建统计工作；指导市水利工程项目的初步设计及概算。指导流域和区域骨干河道、湖泊、水库及河口的治理。指导农村水利改革创新。指导基层水利服务体系建设和农村水利社会化服务体系。指导全市水土流失综合防治工作，组织编制水土保持规划并监督实施，负责水土流失监测、公告。承担全市水利科技工作。指导全市水利基本建设管理工作，负责市水利工程建设项目法人及招投标活动的监督管理；指导全市水利工程建设，配合拟订全市水利建设工程定额；按规定负责市重点水利工程建设的验收；指导水利建设市场的监督管理和水利建设市场信用体系建设。组织实施水利工程质量和安全监督；承担水利行业安全生产监督管理工作；组织或参与制定水利行业安全管理规程规范；指导局属水利工程管理单位、生产经营类单位和重点建设项目的安全监管；依法组织或参与水利安全生产事故的调查处理。组织开展灌排工程建设与改造；指导农村饮水安全、乡镇供排水、农村河道疏浚整治等工程建设管理工作，指导节水灌溉有关工作；指导“水美乡村”建设工作。

（五）工程管理科（河湖长制工作科）。指导全市水利设施的管理、保护和综合利用；指导水旱灾害防御和水量调度工作；指导监督跨区域跨流域调水工程的调度管理工作；承担全市水利信息化工作；负责市属水利工程的运行管理；组织编制水利工程运行调度规程，指导水库、泵站、堤防、水闸、水电站等水利工程的运行管理与确权划界；指导城市防洪和水利工程的运行管理；按规定指导水能资源开发工作。指导全市水域及其岸线的管理和保护；会同相关部门指导全市河湖保护规划编制工作。指导水利工程移民工作；承担水利工程移民管理和后期扶持工作，组织实施水利工程移民安置验收、监督评估等制度，初步审查、上报大中型水利工程移民安置规划，指导大中型水利工程移民区和安置区的基础设施建设工作；组织开展新增水库移民后期扶持人口核定。指导退圩还湖工作。指导水利风景区的建设与管理工作。承担市河长制办公室的日常工作；组织拟订推行河湖长制工作制度，编制工作计划和考核目标；向市级河湖长提出工作建议，落实市级河湖长确定的事项；对河湖长制工作落实情况进行检查、督察、考核；协调督导河湖长制工作重点事项和问题；组织拟订推行河湖长制有关政策、制度。