根据上述职责，市财政局内设科室26个。
（一）办公室
主要任务：处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织；参与研究财政政策，起草和修改有关重要报告和文件；管理财政信息、宣传工作；负责文电、文告、机要、保密、信访、督查、档案、机关财务等工作；负责机关后勤服务工作;承办局机关授权管理的有关工作等。
（二）后勤服务科
主要任务：负责制定机关后勤建设规划、年度工作计划并组织实施；承担局机关授权管理的机关国有资产、基建、总务及其他有关管理工作;负责机关通讯、保卫、供电、供水、供暖、卫生、绿化等工作的管理与服务；协助局办公室负责综合性接待工作;协助全市性财政工作会议的生活接待； 负责机关车辆的统一管理、调度使用及维修保养工作,协调处理交通事故,开展交通安全教育工作；负责机关食堂、阅览室的管理和服务工作。
（三）综合科
主要任务：研究财政发展战略和财政分配政策，编制中长期财政规划；提出物价、工资、国有土地使用制度调整改革和其他经济体制改革的政策性建议；拟订政府非税收入管理政策及规章制度；负责申报全市性和市级部门政府性基金和行政事业性收费项目，参与标准的确定，并拟订有关管理制度和办法；统一管理全市行政事业性收费和政府性基金票据；审核报批彩票发行计划和发行方案，监督彩票发行。
（四）条法税政科
主要任务：负责宣传、贯彻国家综合性财政法律、法规和国家各项税收法律、条例、决定、规定及有关实施细则；负责全市财政法规、规章的清理工作；按管理权限审定地方税的特案减免税；负责财政行政处罚的监督检查工作，对财政行政处罚的决定进行初步审查；审核委托财政执法文书、审核行政处罚文书；组织财政行政处罚听证工作；负责重大财政行政处罚案件登记备案工作；办理市财政局行政复议和行政诉讼的应诉事宜；负责联系、处理和协调与市国税、地税等部门的税政业务工作；组织全市财政系统法制宣传和普法教育工作。
（五）预算科
主要任务：研究提出全市财政体制、预算管理制度和中长期财政规划的建议；编制年度市本级预决算草案，汇总年度全市财政预算；负责市本级部门预算审核、批复、调整工作；负责市本级政府支出标准体系建设、项目库管理及专项资金绩效考评工作；管理预算内外总指标，统一办理预算追加事宜；编制管理市本级政府债权债务以及政府投资收益；拟订市与县（市、区、山）分配政策，负责市对县（市、区）的转移支付工作。
（六）绩效管理局
主要任务：负责全市财政预算绩效评价的有关政策、制度和实施办法以及评价指标体系的制定；指导、检查全市财政预算绩效评价，组织市本级财政预算绩效评价工作；指导社会中介机构参与绩效评价工作，以及建立绩效评价工作数
据库和专家库等。
（七）国库科
主要任务：组织预算执行及分析预测；组织实施总预算会计、行政单位会计及政府会计制度，负责总会计核算；办理预算内外资金收支结算划拨；负责市级财政资金调度；汇总市级及全市部门决算，会同有关科室编制市本级及全市财政总决算；统一管理市级财政的银行开户，管理预算单位帐户；负责国债资金还本付息计划的执行；组织实施国库管理制度、国库集中收付制度，负责国库现金管理的有关工作。
（八）行政政法科
主要任务：贯彻执行《行政单位财务规则》等财务管理制度；负责部分市级行政部门、公检法司、武警部队等单位的预算内外资金和专项资金的管理；对分管部门（单位）财务运行和收支预算执行情况实行动态监管；审核和批复分管部门和单位的决算；管理全市行政事业单位和社会团体的非贸易外汇支出。
（九）教科文科
主要任务：组织执行《事业单位财务规则》等财务管理制度；负责市级教育、科学、文化等方面的部门预算有关工作；对分管部门（单位）财务运行和收支预算执行情况实行动态监督；审核和批复分管部门（单位）的决算。
（十）经济建设科
主要任务：分管部分市级行政部门和单位的预算资金和专项资金；牵头负责与有关部门在财政投资领域的协调和项目安排；负责管理市级粮食、棉花、食糖等专项储备资金和政策性补贴；负责城市建设资金及融资平台的管理；负责扩大内需及惠农补贴资金的管理工作；对分管部门、单位财务运行和收支预算执行情况实行动态监管；审核和批复分管部门和单位的决算。
（十一）农业科
主要任务：负责市级农口部门的部门预算有关工作；拟订市级财政支农政策和财政支农资金管理办法；参与管理和分配财政支农专项资金以及财政扶贫专项资金；负责掌握各分管部门主体业务的全市基本情况，指导全市农业财政工作，参与分管部门行业发展规划和相关政策制度的研究制订工作。
（十二）社会保障科
主要任务：负责人力资源和社会保障、民政、卫生等部门的部门预算有关工作；会同有关部门（单位）管理全市财政社会保障和就业及医疗卫生支出；贯彻执行社会保障资金的财务管理制度；负责社保基金财政监管工作；会同有关部门（单位）组织编制市本级社保基金预决算草案和组织汇总编制全市社会保险基金预决算草案。
（十三）企业科
主要任务：负责商务、国资等方面的部门预算有关工作；研究提出支持企业改革和发展的财政政策建议和意见；参与企业国有资本经营预算的有关工作；组织实施企业财务管理的各项制度；负责拟订地方金融机构的财务管理制度并监督其执行；负责监交地方金融企业国有资产收益；对市政府有关专项再贷款进行监控与核算。
（十四）金融科
主要任务：承担金融方面的部门预算有关工作，拟定金融类企业财务管理制度、政策性出口信用保险有关政策，按规定管理政策性金融业务。
（十五）乡财科
主要任务：指导全市乡镇财政工作；参与拟订乡镇财政管理有关制度和发展建设规划；负责契税、耕地占用税征管工作；指导全市乡财县代管工作；参与财政涉农资金监管，组织协调财政补贴发放。
（十六）外经科
主要任务：参与研究全市利用国际金融组织和外国政府贷款的有关政策和财务规章；负责世行、亚行等国际金融组织和外国政府在贷（赠）款、担保和联合融资的对外谈判、转贷（赠）、偿还工作；监督和管理贷款资金和国内配套资金的使用；承办涉及港澳台的合作与交流事务；负责组织实施有关利用外债的财务管理办法及实施细则；监督和管理世界银行等国际金融组织和外国政府贷（赠）款资金。
（十七）会计科（行政许可服务科）
主要任务：组织实施国家统一的会计准则制度、内部控制规范、注册会计师行业规章制度；管理会计从业资格；按规定承担会计专业技术资格管理工作；承担指导和监督注册会计师、会计师事务所业务的工作；负责我局行政许可审批事项及市行政服务中心财政窗口管理工作。
（十八）财政监督检查局
主要任务：拟订全市财政监督办法或实施细则；负责监督全市财经方针政策、法律法规的执行情况以及全市财政系统在预算编制和执行过程中执行财政法规、政策和制度的情况；组织实施全市财经监督检查工作;检查反映财政收支管理中的重大问题，提出加强财政资金管理的政策建议；依法查处违反财经纪律的重大案件；监督局机关和下属单位财务收支管理情况。
（十九）国有资产管理科
主要任务：贯彻执行行政事业单位、附属单位国有资产管理的各项制度；负责行政事业单位国有资产配置、使用、处置、清产核资、产权界定、产权纠纷调处、资产统计报告、组织产权登记等基础性管理工作；负责行政事业单位资产评估项目合规性审核；监缴国有资产收益；参与行政事业单位改革改制工作；审核市直行政事业单位清产核资结果和资产损失的核销。
（二十）投资评审科
主要任务：贯彻执行国家有关财政投资基本建设项目资金监督管理及土地管理方面的法律、法规，负责财政投资评审组织管理工作；组织对财政性投资项目的工程概（预）、决（结）算和标底及土地成本的具体评审工作；组织实施建设项目后评价等技术性业务工作；组织制定和落实财政投资评审操作规程和指标体系等。
（二十一）人事教育科
主要任务：负责局机关及下属单位的人事管理、劳动工资、职称评聘、考核奖惩等工作；指导全市财政系统教育和干部培训；负责局离退休人员的管理和服务工作。
（二十二）老干科
主要任务：落实老干部政治待遇，加强离退休老干部思想政治建设；落实生活待遇，关心、照顾离退休老干部生活；发挥离退休老干部参政议政的积极作用。
（二十三）市政府采购办公室
主要任务：拟订我市政府采购规章制度，制定全市政府采购目录，负责政府采购事务的协调管理、监督检查和投诉受理。
（二十四）机关党委
主要任务：按照党章的有关规定和市直机关工委的要求以及局党组的统一部署，负责局机关和局属单位党的思想、组织、作风建设工作，对局机关及所属单位的工、青、妇工作实施政治领导等。
（二十五）工会
主要任务：负责局机关工会组织工作，维护妇女职工合法权益。
（二十六）扶贫科
主要任务：承担扶贫部门预算有关工作，统筹安排财政扶贫资金；承担农村综合改革领导小组的具体工作。
九江市财政局
