南京工程学院通信工程系具有比较完备的教学、科研设施。自2000年组建全日制普通本科专业以来，从中央到地方，从院到系都对通信工程系的专业实验室建设加大了经费投入力度，使实验室建设、实习基地建设等都取得了长足的发展。2002年学院根据通信工程专业各方面的条件，启动了通信工程品牌专业的建设工作。同时中央财政也根据我们专业的基本情况和发展前景，给予200万元专业建设经费，进行中央和地方共建；先后建立了信号与系统实验室、光纤通信SDH实验室、现代交换技术实验室、无线通信中心及射频原理实验室等，使教学条件得到很大的改善和提高。另外，还建有国内高教系统领先水平的通信网实习实训基地、电子系统设计实习实训基地、大学生创新基地等。主要教学设备和资产总价值约800万元。实验、实践教学条件好，教学仪器设备齐全，可以为培养通信工程技术领域的高级工程技术人才提供了良好的实验教学条件。

南京工程学院通信工程系十分重视信息与通信工程技术领域的科研工作，先后成立了通信与信息技术研究所等，开展通信与信息学科的研究和电子信息产品的研发，在计算机网络通信、光纤通信网和信息处理等研究领域开展了卓有成效的研究工作。近年来，承担了市厅级以上50余项科研项目。在国内外重要核心学术刊物、会议上发表了200余篇学术论文，正式出版了30余部专著及十五规划教材，取得了丰硕的科研成果。通信工程系所承担的国家“十五”重点课题教育部立项子课题《电子信息工程、通信工程专业应用型人才培养目标与模式的创新与实践》通过教育部全国高等学校教学研究中心组织的结题验收；于2004年、2005年分别获得国家级高等教育教学成果二等奖、江苏省优秀教学成果一等奖；经多年研究建设的《电子技术基础》课程被评为国家级精品课程。