南湖斑叶兰植株高约9厘米。根状茎伸长,茎状,匍匐,具节。茎直立,绿色,或多或少被疏柔毛,基部具4-5枚叶,向上在叶和总状花序基部花之间具2-3枚鳞片,鳞片披针形,长1-1.5厘米,先端渐尖,无毛。叶直立伸展,叶片小,卵形,长约2厘米,中部以下宽1.3厘米,两面无毛,背面淡绿色,上面绿色,沿中肋具1条白色的带,先端稍钝,基部圆形,具柄,叶柄长1厘米,基部扩大成鞘。
总状花序直立,长约4厘米,具10-15朵稍密生,近偏向一侧的花;花苞片卵状披针形,长约1厘米,膜质,先端渐尖,下部的较子房稍长,上部的逐渐变短;子房圆柱状纺锤形,被细毛,连花梗长7-8毫米;花白色略带红晕,半张开;萼片近等大,凹陷,具1脉,背面无毛,中萼片披针形,长6毫米,宽2.2毫米,向先端收狭,先端急尖,与花瓣粘合呈兜状;侧萼片斜卵状披针形,长7毫米,基部宽3毫米,先端急尖。
花瓣与中萼片等长,中部稍增宽,宽2.2毫米,先端钝头,基部收狭,无毛,具1脉;唇瓣长5-6毫米,基部宽2.6毫米,卵状舟形,前部舟状,先端急尖,常向下弯,基部凹陷呈囊状,囊高3-3.5毫米,内面无毛;蕊柱短,粗,长约1.5毫米;花药卵状心形,先端急尖;花粉团长1.3毫米;蕊喙短,长不及1毫米,2裂。花期7-8月。