根据上述职责，自治县水务局设4个内设机构：

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担保密、信访、公产、政务公开、目标管理、社会治安综合治理等工作；负责县人大和政协建议提案办理工作；负责机关和所属单位的机构编制、组织人事、劳动工资、教育培训管理工作；负责水务体制改革的有关工作；负责全县水务系统人才队伍建设工作；负责机关和所属单位的离退休干部工作。

（二）水资源办公室（节约用水办公室）

组织实施水资源取水许可、水资源有偿使用、水资源论证等制度；开展水资源调查、评价和监测工作；指导水量分配、水功能区划和水资源调度工作并监督实施；组织编制水资源保护规划；指导饮用水水源保护、城市供水的水源规划、城市防洪、城市污水处理回用等非传统水资源开发工作；指导入河排污口设置工作；指导计划用水和节约用水工作。

（三）综合业务股

拟订水利发展总体规划，组织编制大中型水利综合规划、专业规划和专项规划；组织有关经济社会发展、城市总体规划及其他重大建设项目的水资源论证和防洪论证；拟定水资源保护规划；组织、指导水利设施、水域及其岸线、城市河道的管理与保护；指导农村水利工作，组织协调农田水利基本建设、农村水电电气化和乡镇供水、人畜饮水工作；拟定水土保持规划，负责水土流失的动态监测、预防监督、执法管理和综合防治；指导水利行业的水电管理，组织协调农村水电电气化建设工作。

（四）防汛抗旱指挥部办公室

负责自治县人民政府防汛抗旱指挥部的日常工作；组织、协调、监督全县防汛抗旱工作；编制全县防汛抗旱应急预案并组织实施；负责全县水旱灾情统计、上报及发布；组织协调、指导全县抗洪抢险及山洪灾害的防御工作；负责全县防洪抗旱影响评价工作。

党组织和纪检监察机构按有关规定设置。