但同时,众多的资料表明：压舱水是外来海洋生物入侵的重要载体。早在1908年，人们便猜测压舱水可能是浮游生物实现迁移的机制之一；1973年，研究人员则首次证实压舱水可作为活海洋生物的转载体。据报道，澳大利亚境内现有的170余种外来海洋生物中，可能有24%～33%是通过压舱水输入的；而每1天，通过舱舶(包括船体及压舱水等)在世界各地转运的生物物种数则可能超过3000种。
在世界范围内，压舱水引起的生物入侵的例子比比皆是，包括海藻、鱼、牡蛎、多毛虫、软体动物、海星、其他的浮游动物以及霍乱弧菌。其中，许多生物已造成了明显的生态破坏和大量的经济损失，有一些甚至给人类健康造成了直接的威胁。最典型的例子有：
澳大利亚Tasmania的有毒双鞭毛虫藻
Gymnodiniumcatenatum是一种有毒的双鞭毛虫藻，1985年在Hobart 港的周围海域中首次被发现。它可能是经压舱水从日本传播到Tasmania的。后来，人们又在墨尔本的海岸线周围及澳大利亚南部的Lincoln港周围发现了它的踪影，而且在Lincoln港发现的Gymnodiniumcatenatum在基因型上与Tasmania的种群是一样的，这极有可能是以压舱水为载体的生物传播的结果。Gymnodiniumcatenatum能产生使贝壳类瘫痪的毒素，这些毒素还能被贝壳类富集，人们一旦食用了这些贝壳类，将引起严重中毒甚至死亡。在1986年、1987年和1991年里，Tasmania州南部贝类养殖业关闭长达6个月之久，损失惨重，其罪魁祸首便是这种有毒的藻类。从船舶压载水舱中采集的沉淀物样本中发现了Gymnodimiancatenatum的胞囊及其他的有毒双鞭毛虫藻。这些发现更证实了压舱水在有毒双鞭毛虫藻的播散途径中所起到的作用。Hallegraeff 和Bolch在澳大利亚1艘船舶的1个压载水舱中发现,其中竟含有3亿个某种泊来的有毒双鞭毛虫藻(称为Alexandriumtamarense)的胞囊。
澳大利亚Tasmania的北太平洋海星
一般认为北太平洋海星Asterias amurensis是在20世纪80年代经船舶压舱水输入到Tasmania南部的。1986年，Asterias amurensis 的标本首次出现在Tasmania博物馆；在德文特河口以及Tri2abunna和Huon河之间的区域里可以发现大量的这种生物。Asterias amurensis 的成体1995年在PhilipBay港也被发现，它有可能会从Albany传播到Eden，还有可能从Fremantle传到Sydney。
北美五大湖的斑蚌
这种斑蚌可能是在1986年经船舶压舱水传入到北美五大湖中的St. Clair 湖的，并迅速地传播到其他的4个湖以及Hudson河、Illinois 河、Mississippi 河等，美国有15个州，而加拿大有2个省可以发现这种生物。它可以阻碍电厂、水处理厂和重工业对水的利用，还能缠结并腐蚀鱼网、船体和浮标，由此造成的经济损失每年可达5亿美元。
黑海中的梳状海蛰
一种学名为Mnemiopsis leidyi 的梳状海蛰是在20世纪80年代经船舶压舱水从北美传播到黑海的。从1989～1990年，它便引起了黑海海域水产业的极大衰退，特别是凤尾鱼、西鲱和马鲭养殖业，更是受到了毁灭性的打击。而在Asov海，由于这种海蛰能与凤尾鱼及Asovkilkacatches竞争食物来源，因此，它也造成了后2者的大量死亡。根据最新调查显示，这种海蛰已传播到了地中海东部。
传播霍乱
E1- Tor 生物型霍乱弧菌是引起1961年到20世纪90年代早期的霍乱第7次世界大流行的元凶。1991年和1992年，从5艘停靠在美国墨西哥湾沿岸港口的货船压舱水和污水中，研究人员发现了霍乱弧菌。这项发现提示压舱水可能是霍乱在国际传播中的重要途径。研究表明，霍乱弧菌可在海水中存活50日。霍乱弧菌的存活与藻花和一些海洋生物的壳质外骨骼的“殖民”有关，这表明压舱水起到的作用可能与转运中间宿主,以及游离细胞有关。
