局内共设4个处，分别是：

（一）检查指导处（案件审理处）

拟订土地、矿产执法监督和违法案件查处的法规、规章和规范性文件并指导实施；对执法监察重大问题开展调查研究，总结推广地方执法监察工作典型经验；组织开展执法检查，负责违法形势和趋势分析研究；指导地方国土资源执法监察机构和队伍建设，组织国土资源执法监察系统人员的业务培训。

案件审理处：负责部直查案件、督办案件、交办案件处理意见的审核；承担对地方国土资源行政主管部门有不同意见案件或重要疑难案件的复核；承办国务院交办的违法案件处理报告的审核；负责省级国土资源行政主管部门案件备案和案件质量评查工作。

人员编制：5名。其中处长1名，副处长1名；案件审理处处长1名；其他工作人员2名。

（二）查处一处

承担重大土地违法案件的调查处理工作；负责部督办案件、交办案件处理意见的初审；指导、督促地方对土地违法案件的调查处理。

人员编制：4名。其中处长1名，副处长1名，其他工作人员2名。

（三）查处二处

承担重大矿产违法案件的调查处理工作；负责部督办案件、交办案件处理意见的初审；指导、督促地方对矿产违法案件的调查处理。

人员编制：4名。其中处长1名，副处长1名，其他工作人员2名。

（四）综合处

负责部违法案件线索的梳理、分析工作；承担全国违法案件查处情况的统计、分析和通报工作；承担局内综合协调和行政事务性工作，组织起草重要综合性文件、材料；负责管理执法监察标志、证件的统一制作和发放；负责国家特邀国土资源监察专员办公室的日常工作。

人员编制：4名。其中处长1名，副处长1名，其他工作人员2名。