根据国务院办公厅《关于印发国家土地管理局职能配置、内设机构和人员编制方案的通知》国办发〔1994〕15号,国家土地管理局设7个职能司(室)和机关党委。
(一)办公室
负责综合协调局机关政务工作、局领导秘书工作和行政管理工作,主管信访工作,归口管理机关服务中心,指导土地管理系统的综合、信息、档案等工作,负责机构编制工作,管理局机关和直属单位干部的计划、考核、任免、调配、离退休及社团工作,指导土地管理系统队伍建设,管理局机关和直属单位的外事工作及港澳台事务,会同有关部门开展土地管理引资、引智工作,指导、协调土地管理系统国际交流与合作。
根据工作需要,对外可使用局人事司、局外事司的印章。
(二)计划财务司
负责综合计划、统计的归口管理,编报并落实年度固定资产投资和物资计划,管理局机关和直属单位的业务经费和固定资产、建设项目投资工作,协助财税部门做好有关土地税费的征管工作,指导土地管理系统的统计、财务工作。
(三)政策法规与监督检察司
制订有关土地的方针、政策和法规、规章并对贯彻执行情况实施监督检查,编制并组织实施土地立法规划、计划,负责有关法规、规章的协调工作,协同有关部门制订土地监督检查法规和土地违法案件的处罚办法;负责土地管理体制改革和土地使用制度改革的协调工作,组织制订有关的改革方案;对土地使用权出让、转让、出租、抵押、终止进行监督检查,会同有关部门立案处理重大土地违法案件。
(四)地籍管理司
统一管理城乡地籍和地政工作,负责全国土地的调查、统计、定级、登记、发证和土地动态监测工作,会同有关部门进行土地估价工作,制订土地定级、估价标准,组织制订全国地籍工作计划和地籍管理技术规程,负责制订土地权属管理办法,会同有关部门查处土地权属纠纷。
(五)土地利用规划司
组织编制土地利用发展战略和土地利用规划、计划及土地后备资源和荒废土地开发复垦规划、计划,并检查执行情况;提出土地供应计划,制订和实施耕地保护措施;指导地方各级土地利用规划、计划及开发复垦、耕地保护等业务。
(六)建设用地管理司
负责全国城乡建设用地的征用、划拨和出让的统一管理,承办由国务院审批的建设用地的审查、报批工作,指导、监督、协调各部门的建设用地,会同有关部门制订有关建设用地管理的行政法规、技术政策和经济管理办法,组织编制各类建设用地定额指标,负责国有土地使用权出让的统一管理,负责国有土地使用权转让、出租、抵押的监督。
(七)科技宣教司
制订土地管理科技、教育发展方针、政策和技术标准、规范,编制土地管理科技、教育事业中长期发展规划、计划,负责土地管理科技工作,引进新技术,推广科技成果;归口管理土地管理信息工作;组织土地管理教育工作,指导干部业务培训;负责土地管理宣传、新闻发布、新闻报道、出版等工作。
(八)机关党委
负责局机关和在京直属单位的党的组织、宣传、纪检及工会、共青团工作 。