土地承包经营权流转合同具备传统民事合同的性质。之所以这样说，是因为土地承包经营权流转合同依法具有传统民事合同平等、自愿的性质。依传统民事合同理论，民事合同的双方当事人法律地位平等，并且民事合同的当事人选择、合同内容及其所追求的法律效果等都是双方当事人平等协商确定的结果。根据《农村土地承包法》第33条第1款的规定，土地承包经营权流转合同是流转双方当事人根据平等、自愿、有偿的原则订立的合同，即土地承包经营权流转的双方当事人法律地位平等，且土地承包经营权的流转必须出于双方当事人完全自愿，流转方不得强迫受流转方必须接受土地承包经营权流转。受流转方也不得强迫流转方必须将土地承包经营权流转。土地承包经营权流转的方式、期限和具体条件，也由流转双方平等协商确定。任何一方违反合同，非违约方都有权根据合同法的规定请求对方承担违约责任。这些规定反映了土地承包经营权流转合同的民事合同性质。当然，土地承包经营权流转合同的民事合同性质，本质上是土地承包经营权人生产经营自主权维护的要求。土地承包经营权人的生产经营自主权是我国农地利用制度二十余年改革的一个基本目标。土地承包经营权的流转必须建立在肯定土地承包经营权人的生产经营自主权的基础上，只有明确土地承包经营权人对土地的自主流转，才有利于维护土地承包经营权人的生产经营自主权。

但是，土地承包经营权流转合同并不是纯粹的民事合同，而是具有较强的发包人及国家意志干预性的民事合同。这是因为，农地的集体所有以及农地的社会公益性质决定了土地承包经营权人对土地承包经营权的流转(处分)权要受到发包人及国家意志的干预。就发包人的干预而言，依现行《农村土地承包法》第37条第1款的规定，不同流转方式的土地承包经营权流转所受的发包人干预的程度不同。采取转让方式流转的，应当经发包方同意；采取转包、出租、互换或者其他方式流转的。应当报发包方备案。土地承包经营权转让应当经发包方同意的原因，除了土地承包经营权转让将使农户丧失对承包土地的使用权，承包人完全退出对土地的承包关系，因而是一种比较彻底的流转以外，一个重要的原因是土地保障是原来的集体保障的一种转换形式，一旦承包人转让土地承包经营权，意味着承包人失去土地保障，作为发包人的集体对作为承包人的成员的保障责任陡然加重，因而必须经发包人同意。采取转包、出租、互换或者其他方式流转的，承包人只是暂时失去承包土地的使用权，在将来的某个时候还可以恢复其对土地的使用权，因而仅报发包方备案即可。就国家意志的干预而言，主要是因为土地承包经营权的流转涉及农地资源的保护以及社会公平问题，因而国家立法规定；土地承包经营权的流转合同的受让方须有农业经营能力；土地承包经营权的流转不得改变土地的农业用途；在同等条件下，本集体经济组织成员享有优先受让权等。这些限制性条件削弱了土地承包经营权流转合同的合意性，因而其民事合同的性质也就不那么纯粹了。当然，这些限制性条件并不根本改变土地承包经营权流转合同的民事合同性质。

但在实践中，土地承包经营权流转合同的民事合同性质经常受到扭曲，主要表现为土地承包经营权人的土地流转合同主体地位被侵害，土地承包经营权的流转成为一些乡(镇)、村(组)负责人的权力意志产物。据笔者对湖南岳阳县、浏阳市土地承包经营权流转合同签订情况的调查，一些乡(镇)与村(组)负责人以优化农村土地资源配置、加快农业产业化步伐为借口。对土地承包经营权流转合同的签订干预过多。有的甚至是越俎代庖，极大地侵害了土地承包经营权人在土地承包经营权流转中的主体地位。据一些流转土地的承包户反映，在土地流转过程中。他们只是例行公事似的签个名字而已，至于土地承包经营权流转合同的具体内容并不清楚。有的甚至连受让方是谁都不清楚。一些地方政府鼓励农业产业化龙头企业按照该地产业布局规划，成片集中土地建立规模化、标准化生产基地，鼓励农民专业合作组织大面积转包或租赁土地，直接从事生产经营，鼓励整组、整村将土地流入有生产经营能力的大户或其他组织进行规模化的农业生产经营。一些村(组)负责人则在利益驱使下极力推进这一工作，在这种情况下，土地承包经营权人情愿或者不情愿地将土地承包经营权流转出去。