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土壤酸碱平衡对土壤生物、元素利用率、土壤结构、作物生根等的影响也是直接，并且是巨大的。土壤过酸了，土壤中元素有效性会受到不同程度的影响，土壤中放线菌和捕食性害虫很难生存，土壤中的病菌就不能有效进行控制，爆发病害，另外还会出现铝毒、锰毒、铁毒等毒害影响作物的生根，和土壤中动物、微生物的存活 ；土壤盐碱化，同样会影响到土壤中生物的结构，矿物质元素的有效性，更重要的是过高的钠、钙含量影响到作物对水分的吸收利用，根系容易缺水，另外还易于破坏团粒结构，造成板结等等 。
