由于多数裸子植物树干端直，材质优良和出材率高，所以其所组成的针叶林常作为优先采伐的对象，使得该资源正强烈受到人类活动的威胁和破坏。如50年代中国最大的针叶林区-东北大小兴安岭及长白山的天然林被不同程度的开发利用，60年代至70年代另一大针叶林区-西南横断山区的天然林又相继被强烈采伐，仅在交通不便的深山和河谷深切的山坡陡壁，以及自然保护区内尚存天然针叶林保存。华中、华南和华东地区天然针叶林多被砍伐，代之而起的是人工马尾松林、杉木林和柏木林。随着各类天然林的采伐和破坏，原有生态环境发生改变，加快了林下生物消失和濒危的速度。同时，具有重要观赏价值和经济价值的棵子植物也遭到严重破坏，如攀枝花苏铁、贵州苏铁、多岐苏铁和又叶苏铁均在新发表或新的分布点发现后就遭到大肆破坏。三尖杉属和红豆杉属植物自60年代和80年代末至90年代初发现为新型抗癌药用植物后，就立即遭到大规模采伐破坏，使资源极度减少。初步查明，灭绝种有崖柏；仅有栽培而无野生植株的野生灭绝种有苏铁、华南苏铁、四川苏铁；分布区极狭，植株极少的极危种有多岐苏铁、柔毛油杉、矩鳞油杉、海南油杉、百山祖冷杉、元宝山冷杉、康定云杉、大果青杉、太白红杉、短叶黄杉、巧家五针松、贡山三尖杉、台湾穗花杉和云南穗花杉等。濒危和受威胁的棵子植物约63种，约占种数的28%，其中百山祖冷杉和台湾穗花杉被列为世界最濒危植物 。