根据审计职责，县审计局设5个内设机构：

（一）办公室

组织管理机关工作，协调各内设机构工作关系；制订局机关各项工作制度，起草有关文件和报告；负责会务、文电、档案、信访、保密及机关行政事务和资产管理等工作；负责编制局机关审计项目计划和审计统计报表；复核审理有关审计业务事项；负责行政复议和行政应诉事项；负责对社会审计工作的业务联系；指导内审工作；负责审计信息化建设与管理工作；管理审计事务经费。

（二）财政和行政事业审计股

负责编制县本级预算执行情况审计方案，汇总审计结果；负责审计县级人民政府和其他财政收支预算执行情况、县地方税务机关税收征管情况；负责审计乡（镇）人民政府预算执行情况和决算；负责审计县人大机关、县政府机关、县政协机关、县法院机关、县检察机关和政党组织、社会团体及事业单位的财政财务收支；负责审计县政府有关部门及其下属单位的财务收支；负责审计社会保障资金以及社会福利、救灾救济、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；开展相关专项审计调查。

（三）农业和经贸审计股

负责审计由县政府主管部门管理使用的农林水利、扶贫开发专项资金和资源能源及生态环境保护资金；负责审计乡（镇）人民政府管理使用的农林水利、资源能源和生态环境保护资金；负责对乡（镇）资金审计；组织审计县属国有企业和国有控股企业的资产、负债和损益；根据上级审计机关授权，审计国际组织和外国政府贷款、援助和赠款项目的财务收支；提供世界银行和亚洲开发银行援助、贷款项目的审计公正报告；根据上级审计机关授权，负责审计国有商业银行、保险公司等中央国有金融机构在我县的分支机构的资产、负债和损益；负责对国有控股的区域性金融机构在我县分支机构的资产、负债和损益状况进行审计监督；负责对地方国有金融机构和地方非国有金融机构进行审计监督；组织对相关部门的财政财务收支审计，开展相关专项审计调查。

（四）固定资产投资审计股

组织审计县政府投资和县政府投资为主体的建设项目的预算执行情况的决算；负责对国有施工企业的审计监督；承担投资绩效审计；负责对相关部门的财务收支审计，开展相关专项审计调查。

（五）经济责任审计局

县经济责任审计局的主要职责是：组织实施乡（镇）党委、政府、县直党政机关及依法属于县审计局审计监督对象的其他单位主要负责人的经济责任审计；承担县纪检、监察、司法机关要求协助配合的经济案件查证等工作；承担县经济责任审计领导小组办公室日常工作。