根据上述职责，宁南县水务局设4个内设机构：

（一）办公室。

组织协调落实局机关政务工作，综合办理局机关事务，负责水务局目标管理工作；负责机关文书、档案、政务信息、信访等工作；负责机关内部规章制度建设和机关后勤管理服务工作；负责组织协调水务行业的宣传教育工作；负责局机关和直属单位的机构编制、劳动工资和人事管理工作；编制全县水务科学技术和教育发展规划、年度计划并组织实施；负责全县水务行业的财务、会计、统计的综合管理；负责局直属单位国有资产的监督管理。

（二）水行政综合执法股（行政审批服务股）。

负责全县水务行业法规体系建设和行政执法工作；监督、管理城乡水资源的综合开发利用，负责水资源的统一管理和保护工作；负责水资源费等规定费用的征收管理工作，协调处理水事、渔事纠纷；主管全县节约用水和计划用水工作；负责《中华人民共和国水法》、《中华人民共和国水土保持法》、《中华人民共和国渔业法》、《中华人民共和国防洪法》及其配套法规的贯彻实施；负责受理和办理州、县人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。

（三）农电股。

贯彻执行《中华人民共和国电力法》及相关法律法规、政策；负责全县水能资源开发规划，协助搞好小水电开发的相关工作；负责管理权限范围内小水电建设项目工程建设质量监督管理；负责编制全县电力发展中长期规划和年度计划；制定农村电气化县建设规划，并督促有关部门实施；监督全县电力生产安全、用电安全管理工作；负责全县电力统计工作。

（四）水利股。

贯彻落实《中华人民共和国水法》及相关法律法规；负责乡镇供水、农村安全饮水等工程规划、设计及质量监督；负责水利工程维修配套扩建和病害水利工程整治设计和工程质量监督；负责管理乡（镇）水利管理站、水库管理站（处）的业务工作，培训乡（镇）水利员；督促全县各水利工程管理单位落实安全措施及责任制；负责指导全县水利工程管理体制改革工作；负责编制水利中长期规划及年度工作计划；负责全县水利统计工作。