根据上述职责，宁南县经济商务和信息化局设5个内设机构：
负责综合性会议的筹备接待、机关文秘、机要保密、档案管理、目标管理、机关建设、信访、信息工作；建立健全机关各项制度；负责机关人事、机构编制、财务、资产管理等后勤服务工作；负责机关社会治安综合治理、精神文明建设、党建和党风廉政建设、计划生育等工作；负责全县国民经济调查统计工作。
综合分析、预测、监测工业经济运行情况，做好工业经济统计工作，按时上报各种统计报表，并定期对全县工业经济运行情况进行分析；负责全县重点工业企业经济目标考核体系建设；负责对全县各种经济成份的工业企业实行宏观管理和指导；负责工业企业扭亏增盈和减轻企业负担工作；认真贯彻执行《中小企业法》、《电力法》等法律，拟制全县中小企业、民营企业发展规划并组织实施，负责中小企业、民营企业统计考核，组织开展工业经济个体抽样调查统计工作；指导工业企业技术进步，广泛开展经济技术协作；会同有关部门对县内工业企业的产品质量、计量、标准化工作进行指导、监督和管理，协助有关部门做好工业企业环保工作，指导工业企业开展节能减排工作；牵头负责工业企业安全生产工作；具体负责对工业企业进行安全生产检查，并根据检查情况提出表扬、批评或整改意见，协助有关部门做好工业企业安全事故的调查并提出处理意见和建议；指导工业企业建立健全安全生产管理制度和操作规程、按要求编制安全生产年度工作计划；负责工业企业人才管理，推广应用先进、科学的管理经验，建立健全人才档案；探索和推广国有及国有控股企业先进管理模式；负责全县节能降耗工作，拟定年度工作安排计划并推动实施；具体负责全县工业和信息化领域的节能监察和管理；拟定全县节能相关规划、政策并组织实施提出工业和信息化产业节能专项资金的投向，编制下达节能年度工作计划和项目的实施；组织全县工业和信息化领域节能产品认定工作；组织实施相关节能重大示范工程和新产品、新技术、新设备、新材料的推广应用；组织开展节能交流与合作。
负责宣传贯彻落实国家有关商品流通和服务行业的方针、政策，研究草拟全县流通和服务行业发展规划、政策、措施；履行对全县商贸流通和服务业的指导与服务职能；承担对外贸易的协调服务及涉及第三产业的日常工作，组织开展商贸个体经济统计抽样调查；牵头负责对商贸流通企业进行安全生产检查，并根据检查情况提出表扬、批评或整改意见，协助相关部门做好商贸企业安全事故的调查并提出处理意见和建议；指导商贸企业建立健全安全生产管理制度和操作规程、按要求编制安全生产年度工作计划；负责商贸企业各项指标统计汇总工作；负责拟定对流通服务企业的考核办法并按年度组织考核；负责生猪定点屠宰、酒类的市场监管；负责茧丝、拍卖、典当、成品油、民爆行业等特种行业的监督管理，负责再生资源、废旧物品的回收管理以及生猪及其它畜禽定点屠宰、酒类流通行业、民爆物品行业、食品、医药、盐业行业的管理工作；负责协调重要物资的储备调运工作；负责相关法律、法规的宣传落实工作。
组织、指导企业拟制改革方案，检查、督促企业改革方案的实施情况；协调、解决企业改革中出现的问题，并及时总结经验，提出建议和意见；不断深化、完善企业改革，协调、处理企业改革遗留问题；指导推进国有企业改革和重组，推进国有企业的现代企业制度建设，负责建立现代企业制度、产权制度、股份（合作）制改革、企业集团及其它改制形式的咨询服务和企业改革实施方案的初审与报批工作；负责企业改革工作，参与产业结构调整、企业组织机构调整等工作。
负责推进信息化和工业化融合工作，协调推进信息化工程；开展信息化培训、信息系统集成和信息技术推广应用工作；指导协调电子政务和电子商务发展，协调推动跨行业、跨部门的互联互通，推动重要信息资源的开发利用、共享；促进电信、广播电视、无线电和计算机网络融合；协调国家信息安全保障体系建设；指导监督政府部门、重点行业的重要信息系统与基础信息网络的安全保障工作；承担信息安全应急协调处理工作；制定并组织实施电子信息与软件服务业领域的行业规划；承担全县电子信息产品制造的行业管理工作，促进电子信息技术推广应用；指导软件业发展，开展软件产品登记工作，推动软件公共服务体系建设，管理软件服务外包；指导、协调信息安全技术开发工作；负责受理和办理州、县人民政府公布的涉及本部门的行政审批事项和公共服务事项。
