市水利局内设机构有办公室、计划财务股、水政水资源股、水土保持股等4个职能股。

办公室：主要协助局领导对各股站工作进行综合协调，组织机关日常工作;负责重要会议的组织和重要接待工作;负责宣传、文秘、行政、档案、保密、信访、机关内部规章制度建设;负责机关基建、国有资产管理;负责机关后勤服务工作;负责人事、教育工作;承办局领导交办的其它事项。

计划财务股：主要草拟全市水利中长期发展规划;向地区申报水利项目投资计划，申报和安排、下达计划项目，对年度计划进行分析总结上报;负责本单位的财务收支核算;指导全市水利行业的财务会计工作;负责对本部门、本系统的财务收支、经营管理活动及其经济效益进行审核和评价;负责水利综合统计工作;负责办理本局职工的各种保险、公积金以及领导交办的其他工作。

水政水资源股：主管全市水利行业的法制工作，草拟宜州市水利法制建设规划;研究提出有关水利方面的方针政策的贯彻实施意见，草拟有关规章制度和改革方案;实施指导全市水政监察和水行政执法工作;承办全市水事纠纷协调的有关工作;承办水利行政诉讼、行政复议和水法律法规培训工作;统一管理全市水资源(含空中水、地表水、地下水)，承担地下水行政管理和城市规划区地下水资源的管理和保护;承办全市水资源的统一规划、管理和保护工作;按照国家资源与环境保护的有关法律法规和标准，拟定全市水资源保护规划;组织拟定全市水中长期供求计划、水量分配方案并依法组织实施;组织全市实施取水许可制度和水资源费征收制度;办理开采矿泉水、地热水的取水许可证;组织全市水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制;监测全市江河湖库的水量、水质;审定水域纳污能力，审核入河排污口的设置，提出限制排污总量的意见并依法监督实施;发布全市水资源公报;组织有关全市国民经济总体规划、城市规划及重大建设项目的水资源论证工作;指导全市计划用水、节约用水和城市供水的水源规划;草拟全市水政策、编制节约用水规划、拟订节约用水措施，制定有关标准，指导和监督全市节约用水工作。

水土保持股：负责全市水土保持工作，协调水土流失综合治理;水土保持法律法规宣传;组织草拟全市水土保持规划、小流域治理和水土保持基地建设规划、项目审批及建设管理;组织全市水土保持重点治理区的工作;组织水土流失监测;实施水土保持方案审批制度和组织水土保持规费征收工作;水土保持监督执法。