故障处理是继故障检测、健康监控后的过程，是对故障进行确认并采取抑制、定位等处理，保证故障后系统能够正常或降级工作。

在故障处理过程中，首先要进行故障确认，即确认下层上报的故障和本层检测的故障等是否存在相关性，判断故障是否由单一故障引起，还是由于级联故障造成；故障确认后，采用故障代码及数据分析准确地标定故障，在此基础上，发起系统重构请求，通过对系统的重构以屏蔽故障。

值得说明的是，目前故障处理采用静态机制实现，即事先确定不同层级发生的故障类型和故障处理方法，故障类型由故障代码惟一标识，当故障发生时根据故障代码可以进行故障处理。实际情况是，各个层级出现的故障并非都是在地面能够静态确定的。当故障检测机制已经发现了故障，但是该故障在本级无法确定类型和处理方法时，该级将本故障报告至其直接上级，依次类推，直到将不能确认的故障报告至飞机级。飞机级是故障处理的最高级，对于无法确认故障的处理方法非常关键，因为系统级的故障处理行为会影响到整个系统的正常运行。针对无法确认故障的处理，也有建议采用动态故障处理机制，即采用各种数据融合、智能处理算法等实时确定故障并采取相应的处理方法，由于动态确定的故障类型、处理方法都是事先无法预料的，这一建议与航空电子系统的确定性原则相违背，日前处于研究阶段。[3]