根据上述职责，县水务局设4个职能科室。

（一）办公室

组织协调局机关日常工作，负责局机关文电、会务、机要、档案、安全、保密、信息、督查、信访、应急管理和县政府市民服务热线办公室转办事项的办理等工作；负责局机关综合性文稿起草工作；负责相关人大代表建议、政协委员提案的办理工作；负责局机关和所属单位的组织人事管理、机构编制和教育培训工作；指导水利行业人才队伍建设。

（二）财务审计科

编制水利部门预决算，提出水利财政预算资金安排建议;负责重要水利工程项目建议书和可行性报告的立项申报、审批，经费安排、管理;负责局机关财务管理、固定资产监督管理及局属单位的财务审计、监督工作。

（三）水政水资源科

负责涉水法规和政策的宣传与水政执法工作;依法征收水资源费、污水处理费、水保“两费”及河道工程维护管理费;开展水资源调查、评价，编制水资源保护规划;指导饮用水水源保护、城乡供水水源规划、污水处理回收利用和雨洪资源开发利用等工作；指导地下水开发利用和管理保护工作；组织实施凿井许可、取水许可制度，核发取水许可证;指导、监督计划用水、节约用水和行业供水工作，编制节约用水规划，制定有关标准。

（四）水务管理科

拟订全县水利发展中长期规划，编制水利综合规划、专项规划并组织实施;编制重点水利建设项目建议书、可行性报告、初步设计;承担重点水利工程安全生产监督管理工作;组织、协调、监督、指挥全县防汛抗旱工作;负责河道、水库等水利工程设施的管理和水域的保护;负责全县水务系统的行业管理、业务指导和信息统计、科研、教育、技术推广应用;负责水库移民工作的监督管理工作；编制排水规划并组织实施;指导全县生产、生活用水的供给;负责城区污水的入网审核、许可、发证;负责入河排污口的设置、登记和监督管理。承担水土流失综合防治;组织编制水土保持和水生态建设规划并监督实施;组织实施重点水土保持和水生态建设项目;组织实施水土流失监测、预报并定期报告;指导全县水生态建设;承担重点开发建设项目水土保持方案的审核、监督实施和水土保持设施的验收;参与“四荒”治理开发的指导工作。

组织协调全县农田水利基本建设；指导农田灌溉排水、村镇供水工作；组织实施农村饮水安全、节水灌溉、灌区续建配套与节水改造等工程的建设与管理；组织实施引黄灌溉和农业综合开发水利项目；指导农村水利社会化服务体系建设。