（一）办公室。负责机关日常运作，承担机关文电、会务、机要、保密、政务公开、新闻宣传、政务信息、信访、接待、后勤、机关绩效管理等工作；负责机关及所属单位的干部人事、机构编制工作；指导农业农村水务局人才队伍建设。

（二）财审科。负责机关及所属单位的劳动工资和教育培训等工作；负责编制部门预算并组织执行；负责区级农业、水务资金的使用及监督管理；协助做好农业补贴相关工作；指导监督局系统财务、国有资产和政府采购管理工作；负责局机关各项资金的管理和使用；负责局机关和所属单位的财务管理和内部审计。

（三）区委农办综合科（扶贫管理科）。承担区委农办相关工作。提出巩固完善农村基本经营政策建议；负责农村集体产权制度改革，指导涉农居委会集体经济组织的财务资产管理、合同管理和会计管理工作；协调、指导农村合作经济组织、新型农业经营主体、农业社会化服务体系建设中的有关工作；负责农村扶贫开发工作；协调农村小康建设和扶贫工作的进展，落实财政专项扶贫资金的分配、使用方案；统筹推进专项扶贫、行业扶贫和社会扶贫，制定和落实扶贫开发目标责任和考核评价。

（四）农业科。负责种植业、畜牧业、渔业、农业机械化等农业各产业工作的监督管理，组织实施农产品质量安全监督管理工作；负责本行业的绿色食品管理工作，指导农业检验检测体系建设；负责农业野生动植物资源、耕地及永久基本农田质量保护；负责有关农业生产资料和农业投入品监督管理；负责农业防灾减灾、农作物重大病虫害防治、重大动物疫病防控工作；负责农业投资管理，编制农业投资项目建设规划，提出农业投资、扶持农业农村发展财政项目的建议，负责农业投资项目资金安排和监督管理；指导农业保险相关工作。

（五）水务管理科（河长制办公室）。拟订全区水利水务工作意见、措施；组织开展项目建设的水资源、防洪、水土保持等论证评价工作；管理全区水资源，协调保障生活、生产经营和生态环境用水；拟订全区水中长期供求计划，水量分配方案并负责监督实施；配合管理计划用水、节约用水工作，组织实施取水许可制度；配合做好流域、区域及调水工程的水资源调度；配合做好饮用水水源保护有关工作；负责全区河道（含水闸、泵站、水库、堤防、管网）和水环境管理工作；落实河湖生态建设，实施水生态保护；承担全区河长制的组织实施工作，负责全面推行河长制工作的组织协调、调度督导、检查考核；负责本行业防汛防旱工作，承担防洪应急抢险的区管水工程调度。

（六）规划建设科。负责全区农业水务工作和农业水务服务体系建设；指导全区中低产田改造、节水灌溉工作；参与指导和组织全区农业农村、水利水务规划建设工作；拟定全区农业农村、水利水务建设行业管理和综合统计工作；负责农业农村、水利水务项目的报建、开工及工程质量监督、建设监督和安全生产工作；负责做好水务建设项目的检查、验收和评比工作。

（七）综合执法科。负责执行中央和省、市、区农业、水行政方面的法律、法规的监督实施；组织实施农业综合执法，依法开展农作物种子（种苗）、种畜禽（鱼）、肥料、农药、兽（渔）药、饲料及饲料添加剂的执法监察和监督管理，参与查处渔业纠纷；负责并组织实施水政监察和水行政执法工作，实施依法治水、依法管水，协调辖区水事纠纷、查处重大水事案件，确保流域性、区域性河道和重要水务工程的安全。