根据上述职责，怀化市人民政府电子政务管理办公室设3个副科级内设机构：

(一)怀化市人民政府电子政务管理办公室综合科

负责协助领导处理机关日常工作;制订机关工作计划、规章制度并组织实施;负责公文办理、会议组织、工作督查、提案办理、机要、档案、人事、保密、财务、信访及其他行政事务工作;拟定全市电子政务发展战略、总体规划、专项规划及年度计划，指导各县(市、区)、各部门的电子政务发展规划及实施方案的编制;承担机关规范性文件的合法性审查和“三统一”工作;负责电子政务行政复议工作。

(二)怀化市人民政府电子政务管理办公室网络运行科

指导协调全市电子政务信息网络的有关规划、建设、运行和升级改造工作;负责全市电子政务内、外网络平台和市政府门户网站的建设和安全运行工作，对市直、县(市、区)的信息网络系统进行业务指导和技术支持，推进市直、县(市、区)网络的互联互通;负责全市国家机关公务邮箱使用及各单位网络IP地址等分配、平衡、协调、审核等管理工作;负责全市国家机关在国际互联网上注册除中文域名外的域名审查工作;协同有关部门做好电子密钥管理、党政机关和个人的电子证书签发工作。

(三)怀化市人民政府电子政务管理办公室信息资源与应用开发科

跟踪、研究、开发计算机应用技术，负责市政府计算机应用平台和数据库的建设、管理;负责应用软件、多媒体软件、数据库的开发;参与制订全市电子政务发展规划和技术规范标准，参与市直部门办公自动化、应用系统的建设并提供技术支持;组织编制本行政区域内的政府信息公开指南、政府信息公开目录;负责县(市、区)和市直部门政府网站的管理、业务指导工作;负责编制全市党政机关信息资源目录体系和指标交换体系。