根据上述职责，县水利水电工程移民局设4个内设机构：

（一）办公室。

主要负责协调机关政务，负责工作计划、总结、地方性政策、法规等重要文件的起草工作；管理县移民局的机构编制、干部人事工作；负责本局文秘、机要、档案、保密、信息、目标管理、社会治安、综合治理及后勤管理工作。

（二）信访法规股。

负责移民政策咨询，接待来信来访移民群众，答复并处理所反映的相关问题；开展移民区平安建设及综合治理相关工作；负责移民矛盾纠纷的排查调处、移民稳定有关工作；负责移民工作的调查研究和宣传教育工作。

（三）财务审计股。

负责移民开发资金管理及内部审计工作。拟定移民开发资金、物资计划；负责对移民资金使用单位的移民资金年度计划执行情况和移民经费收支及其有关经济活动情况进行审计；建立健全有关财经管理规章和内部控制制度，对负责人离任或其他形式的经济责任和移民工程建设项目招投标、预决算、承包合同及投资计划执行情况进行监督检查；负责对局机关及直属单位国有资产的监督管理。

（四）移民规划安置股。

负责移民安置前期工作及建设项目移民安置工作；拟订移民安置规划和实施方案，提出移民安置和搬迁年度计划并组织、协调、督促、落实；负责移民开发项目的前期工作；负责移民搬迁安置综合统计工作；负责移民后期扶持规划、基础设施建设和经济发展规划编制；承担移民后期扶持人口的调查、登记和初步核定工作；负责移民后期扶持任务和资金年度计划的编制、下达；会同有关部门负责资金的安排、检查和监督；负责移民工程的实施管理工作。

县水利水电工程移民局纪检监察机构的设置按《中共思南县委办公室思南县人民政府办公室关于印发〈思南县纪委监察局派驻机构设置方案〉的通知》（思党办发〔2010〕202号）文件规定执行。所需编制从县水利水电工程移民局总编制中调剂解决。