根据上述职责，新沂市水利局设置7个职能科室。

(一)办公室

协助局领导组织机关日常工作，对各科室工作进行综合协调；负责文件档案、政务信息、建议提案、史志信访、新闻宣传、保密收发和机关后勤管理等行政管理工作，以及重大活动、重要会议的组织、全局性重要文件的起草工作，负责机关内部规章制度建设。

(二)水政水资源科

拟定全市水利法制建设规划；指导和组织实施全市水行政执法工作；承办行政诉讼和普法宣传教育工作。负责全市水资源统一管理、保护和监督以及全市计划用水、节约用水工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；组织拟定水资源保护规划、节约用水规划，并会同有关部门拟定全市水中长期供求计划、水量分配方案；组织水功能区的划分和管理。按照文件规定，与有关部门共同做好在水利工程管理范围内设置排污口的核准工作。

(三)农村水利科(挂规划基建科牌)

组织指导全市农村水利工作和农村水利服务体系的建设；组织拟定全市农田水利中长期规划和年度计划；指导和组织实施节水灌溉、乡镇供水、小水电、小型灌区管理工作；指导全市中低产田改造中水利方面的工作以及丘陵山区小流域治理工作；配合市有关部门做好专项资金中有关农田水利项目的计划管理和项目审批工作；组织指导全市水土保持工作，拟定水土保持措施规划和计划并组织实施，组织水土流失的监测和综合治理；组织指导全市水利科技工作，组织进行水利科学技术的研究与推广；指导水利信息化工作。

指导和组织全市水利规划工作；草拟全市水利发展战略、中长期规划、年度计划、流域(区域)水利规划、边界水利规划和市重点水利工程规划，并监督和组织实施；负责全市水利投资计划的综合平衡，拟定市级水利固定资产投资计划；编制、申报全市大中型水利建设项目的建议书、可行性研究报告；负责全市水利综合统计工作。指导和组织实施全市水利基本建设工作；负责全市大中型水利工程的报建、开工及建设工程项目的招标、投标工作；指导和组织实施全市水利工程质量监督、建设监理和生产安全管理工作；负责做好重点水利建设项目的验收工作。

(四)工程管理科

负责全市各类水利设施、水域及其岸线的管理与保护，指导滩涂一切利用、管理和保护工作；指导和组织实施全市境内河湖库和水利工程的安全运行管理以及全市水库大坝的安全监管；拟定全市重点水利工程防汛岁修计划并组织实施；负责全市大中型灌区的管理。

(五)组织人事科

负责局机关及局直属单位的思想教育、党建、统战、老干部工作；负责全市水利系统的机构编制、干部人事、劳动工资、计划生育、职工管理、教育培训以及考核、奖惩等管理工作；负责全市水利行业技术职务评聘和技术工人考核定级工作；指导全市水利行业职工劳动保护、安全生产和职工队伍建设工作。

(六)财务审计科

指导全市水利系统财务会计工作；研究提出有关水利的价格、收费、信贷、财务等方面的意见；研究水利投入机制和筹资政策；负责全市水利资金的计划、使用、管理和监督；指导、监督全市水利系统国有资产的管理工作；主管局机关及局属有关职能单位的财务工作。负责全市水利系统的内部审计工作；负责各类水利资金使用的审计监督工作。

(七)防汛防旱办公室

负责组织、协调全市防汛防旱工作，承办、处理市防汛防旱指挥部的日常工作；按照上级和市防汛防旱指挥部的指示，对流域性、区域性河道和重要水利工程实施防汛调度，指导全市抗旱工作。

另按有关规定，设置纪检监察机构。