根据以上职责，县水务局设4个内设机构：

办公室

负责局机关政务工作，制定机关工作制度，负责重要会议的组织和会议决定事项的督办；负责人大议案和政协提案的办理；负责文秘和公文管理，办公自动化，重要文件的起草，新闻发布和政务信息、宣传、机要、保密、档案、信息和接待工作。

负责水务系统职工队伍建设和业务培训，负责水务系统劳动工资、专业技术职务管理等项工作，组织实施目标责任制及考核工作。指导水务行业劳动保护、安全生产工作。

组织水务行业经济、技术合作与交流；负责编制全县水务科技技术发展规划，负责水务科学研究、技术推广、科研成果的管理工作；组织拟定全县水务行业技术质量标准、规程、规范并监督实施。负责离退休职工管理工作。

水政股

组织拟定水务法制建设规划和规范性文件；研究提出水务方面的政策，拟定有关规章制度和改革方案：协调县域内及部门之间的水事纠纷，负责水务执法工作，组织查处水事违法事件，指导全县水政队伍建设；承办行政诉讼、行政复议和普法教育工作。

负责全县水资源的统一规划、管理和保护工作；拟定全县中长期供水计划、水量分配方案并监督实施。指导水行政许可制度的实施和水资源费征收管理工作，组织水功能区的划分和饮水区等水域纳污能力，提出排污限量的意见，指导全县计划用水和城乡供水的水源规划。

组织对河流和水利工程的防洪安全管理；组织指导水库、水电站大坝的安全监管：负责河道水库及行洪区、蓄洪区、泄洪区等域岸线及其水利工程的管理和保护；组织江河、湖泊、河口、滩涂的治理，指导河道管理；指导水域的综合治理和开发利用工程建设。

工程建设管理股

组织拟定全县业中长期发展规划；组织编制流域区域综合规划、专项规划和中长期供水计划；指导全县有关国民经济总体规划重大项目的防洪论证，负责全县水务项目(含外资)的项目建议书、可行性研究报告和初步设计等前期工程的管理和报批：对水电站的选址、库区规划提出意见；组织管理水务建设项目后期评估工作；负责全县重点水务基建(含外资)项目年度投资计划和专项资金年度计划；负责全县工程造价管理，负责全县水务统计工作；负责全县水务工程建设的行业管理，指导监督全县水务工程招标投标、建设监理、质量监督工作；负责水务建设项目报建，承办农村水务工程建设计划的审批，组织水务工程的建设和验收，指导水电建设；负责城乡供水水源建设和农村人畜饮水工作。

拟定农村水务发展规划、政策及有关规范标准。指导全县农村水务社会化服务体系建设；负责基层水务中心站的指导管理工作，负责农村节约用水工作；组织拟定全县中小型灌区建设；指导机电排灌和已成灌区管理；指导水务工程管理体制改革；负责水务综合经济工作。

组织指导全县农田基本建设；负责拟定全县水土保持生态建设总体发展规划、中长期规划、流域规划、重点项目规划和年度计划，并组织实施：负责全县水上保持生态建设预防监督工作，定期预报、公告县内水土保持工程建设及管理工作；负责利用外资开展水土保持生态建设项目的实施和管理工作；负责全县水土保持统计工作。

财务（审计）股

对全县水务资金的使用进行宏观调节和监督管理；研究提出有关水务价格、信贷、财务等政策，负责对全县水务系统国有资产进行监督管理；确认水务资产评估结果。负责局机关财务报帐和资产管理等行政事务工作。

机关党的组织机构按照党章规定设置。

纪检组、监察室按照有关规定设置。