根据上述职责，县交通运输局设5个内设机构：
（一）党政办公室（监察室）
综合协调局机关和直属单位工作，督促重大事项的落实；承担局机关文电、机要、档案、保密、信访、政务公开、内部规章制度建设等工作；承担本部门重要文件、综合性文稿的起草工作；牵头组织办理人大议案、政协提案、人大代表建议；负责上级及局领导有关批示的督办、查办工作；承担局机关行政后勤工作。负责局机关和直属单位机构编制、人事、离退休干部管理和专业技术职称的评聘、奖惩和继续教育工作；编制全县行业人才队伍建设规划并组织实施。
起草公路、水路交通行业科技、教育、信息化发展政策并组织实施；组织协调交通重大科技、信息化项目研究，负责公路、水路交通行业科技信息和知识产权管理工作；承担执行公路、水路交通行业有关标准、计量、质量管理监督工作；指导公路、水路交通行业环境保护、节能减排、技术改造和自主创新。
负责局机关和直属单位的党群工作，负责局机关效能建设、政风行风评议、计划生育、社会管理综合治理、文明创建、创业竞赛等工作。负责局机关的纪检、监察工作，对局机关及其任命的股级和股级以下工作人员实施行政监察，受理违反行政纪律行为的控告、检举，调查、处理违反行政纪律的行为。
负责组织开展交通运输政策研究，指导公路、水路交通行业法制建设，承担规范性文件的合法性审核工作；指导公路、水路交通行业有关体制改革和执法队伍建设；组织、指导公路、水路交通行业执法监督检查；承办行政复议、应诉工作。
（二）运输管理股
承担公路、水路运输市场监管工作，起草全县公路、水路运输有关政策，组织实施公路、水路运输准入制度、技术标准和运营规范。承担城市客运、出租汽车、城市地铁和轨道交通运营，汽车租赁、港口、码头经营等的指导工作；承担全县公路运输线路、营运车辆、运输场站等管理工作；承担车辆（不含拖拉机）维修、营运车辆综合性能检测、机动车（不含拖拉机）驾驶员培训机构和驾驶员培训管理工作；承担水路运输及其辅助性经营的监督管理；负责涉外运输的有关管理工作；按规定组织协调国家重点物资运输与紧急客货运输；参与组织实施现代物流业发展战略和规划。
（三）安全监督股
拟订并组织实施公路、水路安全生产政策和应急预案；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担公路、水路交通行业安全生产和内河水上交通安全监督管理工作；承担内河水上交通管制、船舶及相关水上设施检验、登记和防治污染、水上消防、救助打捞、通信导航、船舶与港口设施保安及危险品运输监督管理等工作；承担公路、水路安全生产事故、内河水上交通安全事故、船舶及相关水上设施污染事故的应急处置，依法组织或参与以上安全生产事故的调查处理工作；指导公路、水路交通行业综合治理和平安建设工作。组织协调全县春运工作。
（四）财务审计股
参与起草公路、水路交通行业有关投融资政策并组织实施；编制县级交通部门预决算草案并组织预算的执行，按规定负责交通专项资金的使用和监督管理；承担政府采购、清产核资、信贷有关工作；指导交通系统财务管理工作；承担局机关和直属单位国有资产的监督管理工作；负责局机关和直属单位的内部审计工作，劳动工资管理；指导全县交通运输行业内部审计工作。
（五）公路股（交通战备）
负责公路、水路建设市场监管工作，组织起草公路、水路工程建设、维护相关政策并组织实施；组织境内国道、省道运行监测和协调，监督公路标志标线设置工作；承担公路、水路交通基础设施建设工程的设计、招标投标、工程建设、工程质量的监督管理工作；组织交通建设项目中重大技术问题的审核，协调交通建设工程中的重大问题；负责全县专养公路、水路交通基础设施的管理和维护工作；指导农村公路建设和养护管理工作；指导、督促交通战备工程建设；指导、监督全县公路路政管理工作。
负责国防交通战备工作，承担国防动员委员会交通战备日常工作；贯彻执行国家、省市有关国防交通工作的法律、法规和政策；规划全县国防交通网路布局，编制与指导实施国防交通建设计划；参加全县国防交通基础设施建设项目的勘察设计和竣工验收；拟定全县国防交通保障计划，组织、管理和训练国防交通保障队伍，为辖区内的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责全县的国防运力登记和动员征用工作；管理全县国防交通物资储备；承办上级国防交通主管机构和县政府赋予的其他职责。
拟订全县公路、水路交通行业发展规划、专项规划和年度计划并组织实施；参与拟订交通运输总体规划；参与拟订现代物流业发展战略和规划，提出有关政策和标准；指导交通建设项目的立项、可行性研究，对公路、水路项目立项、可研审批或核准提出初审意见并组织开展项目后评价工作；研究提出公路、水路固定资产投资规模和方向、财政性资金安排建议，提出利用外资和社会资金投资的规划，并组织实施；综合监测分析公路、水路交通运行情况，承担有关统计和信息发布工作。
