1、办公室。协助局领导综合协调各股（室）工作，处理机关日常工作，负责局机关文秘、档案、政务信息、保密、保卫、综合统计、信访工作和重大会议筹备组织工作；负责机关内部规章制度建设。

2、计划基建股。组织编制全县水利中长期发展规划、年度计划、城市防洪规划和专项水利规划；负责制订跨乡镇的水量分配方案和水中长期供求计划；负责大、中、小型水利基本建设项目建议书和可行性研究报告的立项、申报工作；审批县管项目；制订全县水利投资年度计划；组织协调重大水利工程的建设和验收；组织指导监督全县水利工程招标投标、建设监督、质量监督、造价管理工作；监督实施行业规程、规范、技术标准，拟定全县水利工程建设和管理规章制度；主管全县水利工程建设监理工作。

3、水政水资源股。负责拟定全县水利法制建设规划和有关规章制度及改革方案；实施指导全县水政监察和水行政执法工作，承办部门间和乡镇间重大水事纠纷协调的有关工作；承办县水务局行政诉讼、行政复议和普法教育工作；承办水资源统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收制度；负责城市规划区凿井审批；组织全县水资源调查评价；拟定并组织全县和跨乡镇间水量分配方案；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，审查入河排污口的设置，提出限制排污总量的意见；组织编制水资源保护、地下水开发利用、城市供水水源规划；负责全县计划用水、节约用水和供水水源地保护工作；负责水利法律、法规、规章的宣传、贯彻和监督检查；组织编发淮阳县水资源公报；指导全县水利公安工作。

4、财务审计股。筹措管理全县水利资金并监督使用情况；研究提出有关水利的价格、税收、信贷、财务等政策，协调、指导全县水利价格收费工作；指导全县水利国有资产监督管理工作和县水利经营工作；负责局属单位财务管理及水利行业的内部审计工作。

5、人事科教股。负责局机关及直属单位的人事、劳动和机构编制工作和科技教育培训工作；指导水利系统劳动保护、安全生产工作；归口管理对外经济、技术合作与交流；承办较大水利科学研究和技术推广工作；负责局机关及所属单位老干部管理与服务工作。

6、工程管理股。负责河道及水利工程的防洪安全管理；组织实施大、中、小型水闸的调度和安全监督管理；负责河道及行洪区、滞洪区等水域、岸线以及水利工程的管理和保护；负责河道及水利工程的防洪安全行业管理；负责大中小型河道的综合治理和开发利用工作；负责水利工程范围内建设项目的管理；指导城市防洪工作；负责全县河道采砂管理；指导水域的综合治理、开发利用以及水利旅游、河道养殖和水利行业的供水工作。

7、农村水利股。组织编制全县农村水利发展规划和年度计划；指导全县农田水利基本建设和基层水利服务体系建设；指导乡镇供水、人畜饮水及农村节约用水工作；负责农用水井凿井管理；指导农田水利工程管理制度改革；指导农田排水、灌溉和引水工作。