根据上述职责,市交通运输局设11个职能科室。

(一)办公室。协助局领导协调机关日常工作,负责督查、文秘、档案、保密、信息调研、机关保卫、计划生育和后勤行政事务、社会治安综合治理等工作;负责局综合性文稿的起草和会议组织工作;负责人大建议、政协提案和市长公开电话办理工作。

(二)组织人事科。协助党委领导处理党委日常工作;负责局党的建设、领导班子建设和局管干部的选拔考核管理工作;负责党风廉政建设、纪检监察、信访和稳定工作;负责局机关及所属单位干部人事、机构编制、劳动工资、专业技术人员管理、出国人员政审、智力引进、技工考核晋级、离退休干部管理服务和群团工作;拟订全市交通行业定员标准、劳动保护政策;管理机关及所属单位的干部人事档案。

(三)宣传教育科(挂新闻中心牌子)。负责指导局机关及所属单位精神文明工作;负责本系统的理论学习、思想政治工作和政工职称评聘工作;负责交通运输行业行风建设工作;拟订交通行业教育培训规划,组织指导交通运输行业的职工教育培训和职业技能开发工作;负责新闻宣传、统战、对台、宗教、侨务等工作。

(四)法规科。负责全市交通运输行业政策研究,拟订有关政策;负责交通运输行业规范性文件的拟订、审核和报批工作;承担局机关有关规范性文件的合法性审核工作;负责行政执法的组织协调和监督管理工作;负责交通行政复议、应诉和听证等工作;负责行业法制宣传、普法教育和法制培训工作;负责审查和管理交通行政处罚、行政许可等事项,指导和管理交通行政审批服务窗口工作;指导行业有关体制改革工作。

(五)规划科。负责组织编制全市综合交通运输体系规划,承担有关协调工作;负责全市交通重点建设项目的前期工作;负责拟订全市交通运输行业中长期发展规划和年度计划,并组织实施;负责全市交通运输行业统计工作及统计数据的对外公布;负责综合分析、预测交通运输行业经济运行情况;负责交通运输行业的招商引资、环境保护工作。

(六)财务科。负责制定全市交通行业财务管理规章制度;负责编制市级交通运输部门财政预算;负责组织协调交通运输行业投融资工作;负责机关及所属有关单位预决算的审查、汇总、编报和经费管理;负责交通专项资金的管理和审计工作;负责所属单位负责人离任审计工作;承担受委托管理和政府投资形成的有关国有资产监管工作;监督管理所属单位固定资产。

(七)建设管理科。负责全市交通工程建设市场监管工作;拟订交通工程建设的相关制度和标准并监督实施;组织协调交通重点工程建设和工程质量监督管理工作;承担交通重点工程设计的监督管理、施工许可、竣工验收工作;指导全市交通运输行业基础设施建设、管理和维护工作;负责交通工程技术管理以及资料的搜集和档案管理工作。

(八)安全科技科。负责交通运输行业安全生产和应急处置体系建设,制定安全生产规章制度和管理办法,并组织实施;拟订全市交通行业科技发展规划和年度计划、组织指导科研项目攻关、科技推广,推动行业科技进步;负责交通运输行业技术基础管理工作,引导行业优化结构、协调发展;组织、协调全市交通运输行业对外经济技术合作、交流;指导全市交通运输行业节能减排工作;负责所属企业的技改和行业发展指导工作;负责有关外事工作。

(九)运输管理科。负责全市交通运输市场监管工作,拟订相关制度、标准并监督实施;承担城市地铁和轨道交通运营管理的指导工作;负责协调各种交通运输方式的衔接工作;承担现代物流业发展的有关工作;承担组织协调国家重点物资、紧急客货运输和节日运输的有关工作;负责全市道路运输、联合运输、水路运输、汽车维修市场、汽车驾驶学校和驾驶员培训工作的行业管理;负责乡镇交管所的建设和监督管理工作;负责交通运输场站的建设和日常管理工作。

(十)城区客运科。负责城市客运管理工作;拟订城市客运管理的年度计划并组织实施;制定城市客运服务质量标准并组织实施和监督检查;负责或参与公交建设工程质量监督和竣工验收;负责审批城市公共客运线路的设置、变动和公共客运交通生产经营单位的经营许可。

(十一)市交通战备办公室。负责全市交通战备工作;规划国防交通网络布局,制定国防交通保障计划;负责国防运力动员、运力征用和交通战备器材管理工作;组织协调市内军事行动等重大活动的交通保障工作;承担抗震救灾、防汛等重大自然灾害的交通保障工作;承办市国防动员委员会的有关工作。