玉树州交通局设4个内设机构：

（一）办公室

负责机关文电、会务、机要、档案、信息、统计、政务公开、督查督办、安全保密和信访工作；负责机关财务和国有资产管理；承办行政复议和行政应诉工作；拟订全州交通发展中长期规划并组织实施；提出行业体制改革方案；负责交通基础设施建设项目财务收支、工程预决算和专项资金的审计监督工作；发布交通信息。

（二）地方道路建设科

拟订地方道路交通的发展规划、计划；监督执行公路建设的行业政策、规章和技术规范；承担公路建设项目的科研论证、设计审查、招投标工作、施工监理、施工初验、竣工验收和后期评价工作；维护公路建设项目设计、施工、监理行业的平等竞争；承担国家及省级重点公路建设的协调服务工作。

（三）运输管理科（交通战备办公室）

拟订运输行业发展规划；承担城乡道路、物流运输市场的培养和监督管理，指导城镇公交、出租车汽车管理，指导运输线路、营运车辆、运输场所的管理工作；指导车辆综合性能检测，机动车驾驶员培训机构管理；指导交通行业安全生产和交通安全监督管理工作；承担交通运输行政执法监督检查、交通运输体制改革相关工作和交通运输行政事业收费的监督管理工作；承担全州交通战备工作；拟订国防交通的保障计划，指导、协调、监督国防交通运输工作，参与组织社会力量承担国防应急运输保障和道路保通任务。

（四）路政管理科

承担公路及其设施的维护和路政管理工作，承办破坏、损坏基础设施案件的查处以及治理“三乱”工作；指导县乡公路的养护和管理工作，保障公路畅通。