根据上述职能调整，玉溪市水利局内设5个职能处室（正科级）：

（一）办公室

协助局领导组织、协调机关日常工作；承办文秘、档案、政务信息、保密、机要通信、重大会议组织、督查、办公自动化、宣传报道和信访工作；负责机关内部规章制度的建立健全和完善，负责局机关财务、国有资产、安全保卫等行政管理工作；负责内外联系、协调工作。

（二）人事教育处

承办局机关及直属单位的机构编制、人事、劳动工资和职称工作；承办直属单位局管干部的管理工作和职工的年度考核，指导水利行业劳动保护、安全生产和职工队伍建设；负责水利行业职业技能工作；拟定水利教育发展计划，组织局管干部、国家公务员和科技干部的教育培训，指导水利行业职工培训工作。

（三）计划财务处

负责全市水利、渔业年度建设计划的编制上报；拟定水利行业的经济调节措施，对水利资金和渔业资金的使用进行调节并实施监督；研究提出有关水利的价格，税收，信贷，财务等经济调节意见；负责水利行业财务，会计的管理工作；监督和管理水利行业国有资产；负责水利资金使用情况和水利工程项目建设管理情况的内部审计，监督；指导监督水利行业的内审工作；承办水利综合统计工作。

（四）水政水资源处(水政监察支队、全市节约用水办公室)

组织、协调水利（渔业）法规、政策的实施；指导水政（渔政）监察和水（渔业）行政执法工作；承办县（区）间和部门间的水事纠纷协调工作；承办水利（渔业）行政诉讼，行政复议和普法教育工作；承办水资源的统一规划，管理和保护工作；组织实施取水许可制度和水资源费征收；组织实施水土流失防治费和水土保持设施补偿费的征收。

（五）防汛抗旱处（挂玉溪市防汛抗旱指挥部办公室牌子）

组织全市防汛抗旱工作，承办市防汛抗旱指挥部的日常工作；按照市防汛抗旱指挥部的指示，对全市水利设施的水量实施统一监控和调度，对全市重要江河、湖泊实施统一监控和调度，组织对江、河、湖泊和水利工程的防洪安全管理；指导城市防洪工作；参与其它自然灾害的抗灾工作。