根据上述职责，石阡县水务局设5个内设机构。

（一）办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担保密、信访、公产、政务公开、目标管理、社会治安综合治理等工作。负责机关和所属单位的机构编制、干部人事、教育培训和专业技术管理工作；负责水务体制改革的有关工作；负责全县水务系统人才队伍建设工作；负责机关离退休人员的管理与服务工作。指导水利行业管理工作；负责水利方面的涉外工作。

（二）规划财务股

拟定全县水务发展战略和中长期发展规划、水务科学技术发展规划；组织拟定水中长期供求计划；负责组织水务基建项目建议书和可行性研究报告的报批、审查工作；组织编制流域水系综合规划和专项规划，协调流域水系的开发工作；按照规划的要求，对中小型水利、水电工作建设的选址、库容规划提出意见；负责编制水务建设项目投资计划；承办水务综合统计工作；研究提出有关水务方面的价格、税收、信贷、财政等政策性意见；承担水务资金和国有资产的监督管理工作；编制部门预算；承担局机关及所属单位的财务管理工作。

（三）水资源与政策法规股（节约用水办公室）

负责水资源的统一规划、管理和保护工作；组织实施取水许可制度、河道采砂许可制度和水资源费征收制度；拟定乡及乡镇间水量分配方案并组织实施；组织水功能区的划分和向饮水区等水域排污的控制，监测江河、水库的水质，审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见；组织建设项目的水资源论证和用水、节水评估工作；组织编制全县计划用水、节约用水和城市供水的水源规划并监督实施；承办水资源公报的编制与发布工作；负责对水务方面的方针、政策、法规、规章和改革方案进行研究，并提出贯彻执行的意见；对局内的政策、法规性文稿提出审核意见并组织报审；指导水政监察和水行政执法工作；协调并仲裁部门间和乡镇间的水事纠纷；承办行政复议，应诉和普法教育工作。

（四）建设股

指导水利设施、水域及其岸线的建设、管理与保护；指导水务行业安全生产工作；指导河流治理和开发；组织实施河道范围内工程建设方案的审查制度；指导水利工程建设运行管理；组织实施具有控制性的或跨县的重要水利工作建设的运行管理；负责水利水电建设项目设计施工中重大技术问题研讨、决策和工程造价管理的有关政策研究，水利水电项目定额管理，水利水电工程建设招投标、质量、安全等管理工作。负责水利水电建设经营单位的行业资质实行归口管理。

（五）农村水利股

研究提出贯彻执行农村水利的方针、政策的意见和发展规划，负责实施有关的规范和标准；组织实施以工代赈农田水利项目建设。负责全县农田水利基本建设、节水灌溉、雨洪资源利用等工作建设管理；负责城乡供水、人畜饮水和农村节约用水工作；负责农村水利管理体制和运行机制改革及农村社会服务化体系建设。