根据上述职责，区水利围垦局设7个职能科室。（含区三防办公室）

（一）办公室

负责机关行政管理和综合协调；负责对外宣传、干部人事、劳动工资、文秘、信息、档案、保卫、信访工作及机关内部规章制度建设；负责局重大会议和机关后勤事务工作；负责全区水利水务和围垦的财务管理和资产管理；负责后勤保障及内部制度建设。

（二）水政法规科

负责水利、水务和围垦的政策法规宣传、贯彻和落实，拟订水利、水务和围垦的政策及规范性文件，并负责组织实施和监督检查；作出对水事违法案件的行政处罚（处理），承担本系统内的行政诉讼案件；协调和处置水事纠纷及水事案件；实施水资源费、滩涂资源费、水土保持费等的征收管理。

（三）规划建设科

组织编制全区水利水务建设中长期规划和年度计划，并负责监督实施；负责水利水务建设行业管理及重点工程项目管理；负责管理水利水务基本建设项目和重点项目初步设计的审查、审批或转报、立项；负责全区水土保持、河道整治、小流域治理、节水灌溉和农田水利基本建设等；指导监督水利、水务和围垦建设工程的招投标工作，配合市水利围垦工程质量监督站做好全区水利围垦工程的质量监督；负责水工程管理范围内建设项目、水土保持和滩涂围垦的审批、发证工作。

（四）工程管理科

按照分级管理范围，归口管理和组织实施全区现有水利水务工程除险加固、防汛岁修；负责全区水利资金安排、管理，提出工程除险加固、防汛岁修计划及资金安排意见；组织工程抢险。负责全区水利水务科技工作、水利信息化建设，负责对水利员和水利工程各类管理人员的培训。

（五）海涂围垦科

贯彻执行国家、省、市有关滩涂围垦管理的法律、法规、规章和政策；组织滩涂资源调查研究评价，编制滩涂围垦中长期规划和年度开发计划；会同有关部门审查、审批、报批滩涂围垦建设项目；监督滩涂围垦建设项目实施，组织滩涂围垦建设工程验收；会同有关部门对滩涂围垦活动进行指导、协调和管理，对滩涂资源实行监督保护；会同有关部门和乡镇（街道）做好滩涂围垦工程中涉及到的渔民、养殖户政策处理工作。

（六）水务管理科

负责编制水调度中长期规划和年度计划；负责全区水资源统一管理和保护工作；负责组织全区水资源的监测和调查评价；制订全区供水预案，并负责水资源保护实施管理，对全区农村纯净水生产经营进行行业管理。配合市相关职能部门做好全区供水网络建设、城乡供水规划、原水、制水、给水、节水处理等工作，并协调好与有关单位的关系。

（七）防汛防旱防台指挥部办公室

负责组织汛前检查，提出年度三防工作意见，并负责监督落实；组织制订修编防汛、防台、防旱方案和海啸预案；组织协调、监督、指导全区防汛、防台、防旱工作，掌握汛情、旱情、灾情及气象动态，及时做好上情下达、下情上报工作；落实有关防汛、防台、防旱物资的储备，并提出三防物资、资金安排意见；了解、掌握、编报全区蓄水、用水情况，编报险情、灾情和抢险救灾情况报告；负责区政府三防日常工作；负责全区三防信息化建设、管理、维护工作，提出三防信息化建设的意见和办法。

（八）水政监察大队

贯彻落实国家、省、市有关水利、水务和围垦方面的法律、法规、政策；负责执法检查监督，对违法行为和事件进行及时调查处理；协同有关部门实施取水许可制度、滩涂开发许可制度和水资源费、水土保持补偿费、水土防治费、滩涂资源费等征收管理及水事纠纷调处。

（九）水文站

负责全区水文雨量站的建设、维护、管理和水文测报；负责全区水库远程遥测系统的建设、维护、管理；负责水文信息的上报、发布和水文工作的信息化建设。

（十）设计所

根据水利工作技术性强，本区水利建设管理、建设、设计任务繁重的实际，要求保留舟山市定海区水利勘测设计所。