根据上述职责，英吉沙县审计局内设4个职能股（室）：

（一）综合办公室

处理机关日常事务，负责审计工作方面综合性文件、报告以及审计机关管理制度的起草；编制审计工作规划，安排年度审计项目；收集、汇总、上报审计统计资料；管理机关文电处理、审计事业经费、文秘档案和接待等事务；组织对审计项目执行情况的监督检查；管理国家财经法规的收集、征订、保管、发放工作。负责机关干部职工的思想政治学习、审计普法教育工作机制的组织实施。

（二）审计业务股

拟订县级预算执行情况的审计总体方案，汇总审计结果；负责审计县级预算执行情况、地方税务局系统税收征管情况、国库办理本级预算资金的收纳拨付情况；负责对县财政局、地方税务局的财务收支状况进行审计监督；开展专项审计调查。

负责审计与县财政有拨缴款关系的党政机关、事业单位、社会团体的财政财务收支、非税收入、预算外资金的管理、使用情况；负责审计县人民政府有关部门管理的和受人民政府委托由社会团体管理的社会保障基金、农林水利资金、环境保护资金、扶贫开发资金、社会捐赠资金及其他有关基金、资金的财务收支筹集、管理、使用情况；开展专项资金审计和专项审计调查。

配合或接受上级审计机关、本级人民政府的安排对国有资产占控股地位或者主导地位的企业和行业进行审计监督；组织对其他国有企业的审计监督；根据有关法律、法规规定，对重点建设项目的工程概预算执行和决算进行审计监督；组织对其他建设项目的审计监督；负责经上级审计机关授权的对国家金融机构、保险机构、地方金融机构的资产、负债、损益情况以及对国际组织和外国政府援助、贷款项目的财务收支情况的审计工作；开展专项资金审计和专项审计调查。

（三）经济责任审计股

负责县领导干部经济责任审计领导小组办公室日常工作，组织协调全县领导干部经济责任审计年度计划编制，依据委托或授权对党政领导干部实施经济责任审计，统筹全局经济责任审计工作，负责全局经济责任年度项目文书审核、把关和分发，协助相关部门运用经济责任审计成果。按规定组织对本县有关部门党政领导干部和国有企业领导人员进行任期经济责任审计；开展专顼资金审计和专项审计调查。

（四）法制审理室

承担有关地方性审计规章草案的起草工作；办理上级审计机关、县人大、县人民政府有关行政法规、规章草案征求意见的相关工作；承办局机关行政复议、应诉和其他法律性事务；负责审计结论性法律文书的送达和审计决定的执行；负责检查督促落实审计查出问题的整改和办理申请法院强制执行事项；负责对审计业务股室移交的审计方案、审计报告、审计决定在事实、证据、定性、审计处理处罚、审计程序、审计评价、审计建议等进行审核和复核，并提出书面审理意见；根据财经审计法律法规、方针政策，提出加强审计工作质量的意见建议；组织实施审计项目质量检查，加强审计业务内部监督。负责优秀审计项目的评选工作。