根据上述职责，市水务局设8个内设机构：

（一）办公室

协助局领导对各股室工作进行综合协调，组织机关日常工作；负责全局性的中心工作和会议组织；负责综合性文件的起草和把关、文电处理、督办催办；负责水电学会日常工作；负责组织、指导本行业创建文明单位活动和政研会活动；对外宣传、抓好电脑在办公自动化中的普及与应用、政务信息、文秘档案、保卫、保密、信访、接待、车辆管理、环境卫生等机关行政事务工作。

（二）人事股

负责机关和指导局直属单位人事管理、劳动工资、离退休人员服务等工作；协同有关部门组织专业技术职务的考核、评聘工作；负责局机关及局直属单位党务、纪检监察、统战、工青妇、计划生育工作；拟订水利水电科学技术和教育的发展规划；负责水利水电科技项目的申报，管理和推广科技成果；负责科技情报工作的整编上报和传递；负责行业职工教育和培训工作；协助水利学会开展日常工作。

（三）计划财务股

制定水利发展战略规划中长期计划、年度计划；负责水利建设、年度计划的编制上报、下达和检查管理工作；组织对列入省、市计划的水利水电基建项目有新建、续建或专项工程的竣工验收；负责水利基建项目计划申报和资金的审核；负责水利建设投资、效益的综合统计工作以及行业的财务管理、指导并监督局直属单位的财务工作；负责水利行业及直属单位财务效益及资产的内审工作。

（四）水政水资源水保股

宣传、贯彻执行水利行业政策法规；负责水资源规划和水资源的调查评价工作；制订水资源的中长期供求及其水量分配计划；负责编制河流综合开发利用规划；负责水资源统一管理，保护和节约用水工作；指导水政监察人员的执法和收费工作；实施取水许可制度，协调处理水事纠纷；负责实施河道取砂许可证制度，监督河道采砂费、水资源费、堤围防护费的征收和使用；组织核定辖区内水域的纳污能力；负责全市的水土保持规划，拟订水土流失的综合防治年度计划，组织对水土流失区的治理、开发利用和管理维护工作；负责水土流失的综合治理，对依法征收水土保持补偿费实施监督管理；负责审批基本建设的水土保持方案和水资源开发建设可行性研究报告的审核上报工作；负责面上水库移民工作。

（五）水利工程管理股

负责河道、水库、湖泊、河堤等水域及其岸线、河口滩涂以及水利工程的管理和保护工作；对江河和水利工程的防洪安全进行行业管理；对水库大坝安全实施监督管理；监督水费的征收和使用；指导灌区改造，监督节水。组织实施小型水利工程建设和除险加固；负责全市水务系统综合经营的规划、指导及局直属经济单位的管理；负责有关信息的搜集、综合和交流；负责引进项目、技术合作和交流的有关工作；指导对外洽谈、商签意向书、合同并监督实施；指导局下属单位综合经营。

（六）水利建设股

负责水利建设行业管理；指导农田水利、城乡供水、农村饮水安全工程等农村水利的建设；负责主持水利工程项目的规划、设计方案审定和项目初步设计、技施设计等技术性文件的审批上报工作；审批、出具防洪规划同意书；负责较大工程项目施工指导、预（结）算、竣工验收。组织、协调、指导、监督水利工程项目的基本建设工作；负责水利水电工程建设安全质量管理，协调、指导水利工程招投标工作。

（七）水电建设管理股

负责全市地方中小水电站、机电排灌站、小水电输变电工程的可行性研究报告、初步设计、技术施工设计等技术性文件的审核和上报工作；负责对全市小水电站建设、技术改造、运行管理等进行行业监督和指导；负责“全国农村电气化县”建设的规划、审批、建设计划实施、达标验收；负责地方小水电的综合统计工作；归口管理行业安全生产。

（八）三防指挥部办公室

负责组织、协调、监督、指导全市防洪、排涝工作，对主要河流和重要水利工程实施防汛、防旱、防风调度；负责防低温雨雪冰冻灾害的工作；承担防汛、防旱、防风指挥部的日常工作。