根据上述职责，茂县国土资源局设4个内设机构：
（一）办公室（地质勘查矿产管理地质环境股）
负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全保密、新闻发布、宣传工作；组织国土资源重大课题调研；承担机关综合业务与协调处理工作；承担机关效能建设、绩效考核和督察督办等工作。承担国土资源专项收入管理工作；承担国家和省、州、县财政安排有关工作经费、专项资金、基金的管理工作和部门预决算、国库集中支付等机关财务工作；拟订有关财务、资产管理制度，监督管理机关及直属单位国有资产；承担机关接待、固定资产管理工作。承办局机关及直属单位的机构编制、人事管理和教育培训等工作；承担人才规划编制，组织实施干部培训工作；指导全县国土资源执法监察队伍和基层国土资源所队伍建设；承担国土资源系统专业技术职称评审有关工作。承担探矿权审批登记发证的审核上报工作，编制实施探矿权设置方案；承担探矿权审批登记发证的审核上报工作，编制实施探矿权设置方案；管理探矿权市场；组织全县区域内地质调查和矿产资源调查评价；编制地质勘查规划并监督检查执行情况；管理县级地质勘查项目，组织实施重大地质勘查专项；管理、指导地质勘查行业；承担地质勘查行业统计和地质勘查成果统计；承担石油、天然气及煤层气勘查开发的监督管理工作；监督管理矿产资源勘查活动；监督管理和审核对外合作区块。
组织实施矿产资源储量管理办法、标准、规程；管理、指导矿产资源储量评审，承担矿产资源储量评审备案、登记和统计工作；实施矿山储量动态监督管理；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作；组织矿产资源形势分析和战略研究。
承担采矿权审批登记发证的管理工作；组织划定县规划矿区，编制实施采矿权设置方案；承担矿产资源保护和保护性开采的特定矿种、优势矿产的管理事项，下达开采总量控制指标；管理采矿权市场；监督管理矿产资源开采活动；调处重大矿业权权属纠纷。组织协调和监督地质灾害防治工作；组织编制全县地质灾害防治规划等地质环境管理专项规划，承担监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作，保护矿山地质环境，依法管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织监测、监督防止地下水过量开采和污染造成的地质环境破坏，承担城市地质、农业地质、旅游地质的勘查与评价工作。
负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。
（二）执法监察股
承担机关有关规范性文件的合法性审核工作，承担本系统、本部门推进依法行政工作的组织协调和管理指导；承担有关软科学项目的立项和管理工作；组织行政处罚案件、行政许可事项的听证，承担行政复议、行政应诉、行政调解等有关工作。
组织对遵守和执行国土资源法律、法规情况的监督检查；贯彻执行对全县土地、矿产执法监督和违法案件查处的规定；依法组织查处土地、矿产违法案件。
研究分析全县国土资源系统信访工作情况；负责接待、处理群众来信来访工作；督查督办重大信访案件；协调处理群体性突发事件。
（三）土地利用、规划与耕地保护股
编制实施国土、土地利用、矿产资源等综合规划，组织编制资源调查评价、开发、整理、复垦等专项规划；参与编制地质勘查、地质环境、矿山环境保护、地质灾害防治等专项规划，依法指导和审核国土资源相关规划；编制实施土地利用计划和国土资源调查评价计划；承担建设项目用地预审工作；开展全县国土资源经济形势分析，研究提出全县国土资源供需总量平衡的措施建议，参与全县宏观经济运行涉及国土资源领域问题的研究，承担综合统计和局内专业统计归口管理工作；研究并拟订有关国土资源的区域、城乡统筹协调、综合利用和循环经济的措施。
承担城乡建设用地和土地市场管理工作；规范土地使用权出让、租赁、作价出资和转让行为；实施土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理政策；实施建设用地开发利用标准；承担节约集约用地评价和建设用地分等定级工作；承担基准地价、标定地价等地价管理工作，对土地市场和地价实施动态监测与监管；承担县属事业单位和改制企业国有土地资产处置的审核、报批工作；承担报县政府审批的县本级土地登记的国有土地划拨、转让、收回、改变用途的审核、报批工作。
贯彻执行国家农用地转用、土地征收征用和集体土地占用的法规和有关政策，落实全县农用地转用、土地征收征用、临时用地、先行用地和集体土地占用的管理办法；承办农用地转用、土地征收征用和集体土地占用的审查、报批工作，承办报国务院、国土资源部、省政府、省国土资源厅、州政府、县政府审批的用地事项的审核工作；负责农用地转用、土地征收征用批后实施的监督和备案工作，负责全县土地征收征用的补偿安置工作。
实施耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发方面的政策规定与管理办法，承担耕地保护、基本农田保护、土地整理、复垦开发管理工作；承担耕地保护责任目标和耕地占补平衡考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况。
（四）地籍管理股
拟定地籍管理办法；拟订土地确权、登记、争议调处措施并监督指导工作，调处重大或跨乡镇土地权属争议；承担县本级土地登记工作；拟订土地调查、监测、统计的规程、规范、标准和全县土地调查、监测总体方案并组织实施；负责全县地籍工作。
