根据上述职责，市水利局设4个职能科室。

（一）行政科

组织、协调机关日常工作；负责机关文秘、信息、档案、机要、接待、考勤、卫生检查、保卫、车辆、会议安排、综合性文稿的起草工作。

（二）政工科

负责局机关和下属单位的干部管理及纪检监察、人事、劳动工资、社会保障、精神文明建设、教育培训、计划生育、信访稳定、综合治理、党建工作；负责工会、妇女、共青团工作；负责离退休人员的管理服务工作；负责水利体制改革的有关工作。

（三）财务科

对水利资金的使用进行宏观调节，编制市级水利部门预决算，提出水利财政预算资金安排建议；指导下属单位的财务、审计工作；管理和监督国家、省及市下拨经费的使用；对全市水利系统国有资产进行监督管理；负责局机关的财务管理和系统内的财务审计工作。

（四）综合科（挂水政监察大队牌子）

拟订全市水利法制建设规划，研究实施指导水政监察和水行政执法工作；负责水法规法律宣传、贯彻和落实工作；负责调处单位或部门间的水事纠纷工作，承办行政应诉、复议和普法教育工作；负责全市河道范围内的采砂许可及建设项目审批。组织、协调、监督全市防汛抗旱工作；指导全市水利工程建设与管理工作；指导农村水利工作；指导水利行业安全生产工作；指导全市水利工程移民安置和后期扶持工作；指导水利科学技术研究与推广工作。