（一）办公室。负责机关日常运转工作，承担文电、会务、机要、保密、档案、信访等工作，承担政务督查、政务信息、政务公开、宣传、外事等工作；负责研究综合交通运输发展重大问题，承担综合交通运输体制改革有关工作；承担综合性报告、重要文件起草等工作；负责组织综合性调研活动；承担机关干部人事、机构编制、劳动保护等工作，指导全区交通运输行业人才队伍建设工作，负责全区交通运输行业教育管理工作，承担有关智力引进工作；负责机关和所属单位的党群工作。

（二）安全监督股（综合运输管理股）。组织拟订全区公路、水路安全生产规定和应急预案并监督实施；指导有关安全生产和应急处置体系建设；承担有关道路、水路运输企业安全生产监管工作；组织或参与有关事故调查处理工作；组织协调国家、省、市重点物资运输和紧急客货运输。

承担全区道路、水路运输市场监管责任；拟订有关规定并监督实施；负责有关部门建立综合运输体系协调配合机制；指导全区运输路线、营运车辆、交通枢纽、运输场站等管理工作；参与拟订全区物流发展有关规定；指导车辆维修、营运车辆综合性能检测、机动车驾驶员培训机构和驾驶员管理工作；承担指导公共客运及水路客运运输管理等工作；负责安全信息统计、分析、报送等工作；负责全区船舶检验工作。

（三）规划与资金管理股。会同有关部门组织编制全区综合运输体系规划，承担有关协调工作；组织拟订相关行业发展战略和规划，参与拟订全区物流业发展战略和规划；承担有关规划和建设项目的审核工作；提出国家、省、市有关专项资金投资和资金安排建议并监督实施；承担全区农村公路工程设计审核；拟订全区公路、水路行业投融资有关规定；承担专项资金预决算、政府采购、外资、信贷有关工作；承担机关和所属单位财务资金监管、内部审计工作。

（四）政策法规和路政管理股。拟订全区交通运输有关规定；承担机关有关规范性文件的合法性审核工作；指导监督行业行政执法工作，承办行政复议和行政应诉工作；组织开展政策研究；指导全区公路、水路行业有关体制改革工作；拟订公路路政有关规定并监督实施；负责全区干线公路、农村公路路政管理及超限运输治理工作；承担高速公路及重要干线公路运行监测和协调，经区政府批准后监督实施；组织实施绿色通道、抢险救灾、农机跨区作业等工作；负责行政审批事项服务工作。

（五）建设管理股（交通战备股）。承担全区公路、水路建设市场监管责任；拟订公路、水路建设、维护有关规定并监督实施；承担全区重点公路、水路等工程施工许可、实施监督和竣工验收工作；指导农村公路建设、维护工作；承担地方铁路建设协调工作；拟订公路、水路行业科技、教育、信息化规定并监督实施；研究有关标准、质量和计量工作；指导行业节能减排；负责辖区内重大军事行动和其他紧急任务的交通保障；指导检查全区国防交通工作；实施全区民用运力国防动员工作；组织交通战备教育、训练和演练。