根据上述职责，县水务局设4个内设机构：
（人事教育和政策法规股）
负责县水务局各种会议的组织、文件起草、公文处理、信息、信访、保密、后勤管理等日常工作；承担水利系统党风廉政及纪检监察工作；负责政务公开和目标考核工作；负责精神文明建设、宣传思想工作；负责整脏治乱和社会治安综合治理工作；负责机关党建和党务公开工作；负责局机关和直属单位的组织人事、劳动工资、机构编制、专业技术职务评聘、干部职工队伍继续教育工作；承办有关行政复议和行政应诉以及行政执法监督工作，统筹承办提案、议案工作；指导全县水务人才队伍建设工作；负责水务系统人口与计划生育和离退休人员的服务管理工作。
（安全监督股）
组织编制全县水务发展综合规划、专业规划和专项规划；组织审查、批复或上报小型水利建设项目建议书、可行性研究报告、初步设计或实施方案；负责对水利工程建设项目合规性审查、上报工作；负责水利建设项目资金计划上报，承办水利年报综合统计工作；负责小水电农村电气化、小水电代燃料生态保护工程的规划工作；负责水利工程项目的登记、验收；负责全县中小河流整治、河堤维修养护及河道管理；审查本行政区域河道管理范围内所建工程的规划设计；制定、执行本行政区域内河道的综合开发利用规划、防治水害规划、防洪调度方案和清障计划；负责水利风景区的监督管理。负责全县水利水电工程建设监督管理工作；负责水务基本建设项目工程安全生产的监督管理和验收；指导水务建设市场和水利水电工程招投标的监督管理；负责水务行业的技术标准和规程规范的监督实施；负责水利工程建设年报统计工作；负责水务行业的科学技术研究和技术推广工作。
（节约用水办公室）
贯彻执行国家和省、市有关水资源管理的法律法规和规定；组织编制全县水资源中长期发展规划；负责全县水能资源开发利用管理和水能资源使用权出让金的管理工作；组织县级备案建设项目水资源论证报告的审查和批复，配合省、市审查备案建设项目水资源论证报告书；负责取水许可和水资源费核实工作；审核水域纳污能力，提出限制排污总量的意见，实行水资源“三条红线”控制管理；执行城市节水、计划用水、再生水及二次供水的方针政策，开展城市节约用水的宣传教育和培训工作；编制城市节约用水发展规划和年度用水计划；组织和协调创建节水型城市工作。负责节水检查；推广先进节水技术、设备和措施。
负责局机关及所属事业单位的财务管理工作，提供有关会计报表，编制水务部门预算、决算；清理、核对各往来明细帐、债权、债务情况；负责财务会计档案的立卷、归档、保管和移交工作；负责固定资产管理工作；负责工资发放，社会保障费和住房公积金的扣缴等工作；负责局机关及所属事业单位的财务会计制度建设、非建设性财政资金（资产）管理与监督以及绩效评价工作；承担局机关并指导所属事业单位的财务管理和内部审计工作；提出有关水利价格、收费、信贷的建议。
机关党委。负责局机关和所属事业单位的党群工作。机关党委日常工作由办公室承担。
