根据上述职责，市国土资源局设8个内设机构。
（一）办公室。
负责文电、综合会务、接待、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访和新闻宣传工作，承担机关综合业务与协调处理等工作，统筹协调局信息化和政务公开工作。
（二）规划科技科。
组织研究全市和重点地区国土综合开发整治的政策措施，编制和实施全市性及区域性的国土、土地利用、矿产资源、地质环境、海洋等综合规划和其他专项规划；负责土地年度利用计划的编制和管理；依法指导和审核国土资源相关规划；负责建设用地预审；参与报市人民政府或自治区人民政府审批的城市总体规划的审核工作；组织编制资源调查评价、勘查专项规划；编制国土资源科技工作规划，对重大科技项目实施情况进行管理、监督、检查；组织实施本行业科技项目的对外合作与交流；开展国土资源经济形势分析，研究提出全市国土资源供需总量平衡的政策建议，参与全市经济运行及相关改革研究；组织国土资源重大课题调研，承担综合统计及局内专业统计归口管理工作；协调和组织局内有关综合研究工作；负责局预算内重大项目的综合监管和稽查。
（三）耕地保护和建设用地科（行政审批办公室）。
承担基本农田保护、农用地转用、土地征收征用和土地整理、复垦、开发管理工作；承担耕地保护责任目标考核的有关工作，监督检查基本农田保护和占用耕地补偿制度落实情况；承办报国务院和自治区人民政府审批的用地事项的组织与初审工作；负责全市征地批后实施的监督管理工作；承担城乡建设用地和土地市场管理工作；负责全市建设用地使用权划拨、出让、租赁、作价出资（入股）、转让、抵押、交易、政府收购、储备和全市建设用地供应管理工作；拟订并实施全市土地供应、土地价格、土地资产和土地储备管理办法；承担节约集约用地评价、土地分等定级、土地市场和地价实施动态监测工作，组织实施土地开发利用标准、基准地价、标定地价等地价制度；执行国家土地估价管理办法和行业技术规范；负责对土地估价行业自律组织和土地估价机构、人员进行监管；承担改制企业国有资产的处置工作；牵头负责国土资源有关行政审批工作。
（四）财务科。
承担国土资源有偿使用的工作，参与管理土地、矿产等资源性资产和国家出资形成的矿业权权益的有关工作；依法承担国土资源专项收入征收管理相关工作；承担有关专项资金、基金的管理工作和部门预决算、政府采购、国库集中支付和内部审计有关工作；贯彻执行国家和自治区有关财经方针政策和财务会计制度，拟订有关财务、资产管理制度，承担机关财务、资产管理和所属单位财务及国有资产监督管理工作。
（五）测绘和地籍管理科。
组织实施测绘管理的法律、法规和规章，组织执行国家测绘管理的技术标准、规程和政策措施；负责涉密基础测绘成果资料提供、使用审批和基础测绘成果复制、转让或转借审批；依法查处测绘违法案件；拟订测绘事业发展规划和地籍测绘规划，会同有关部门拟订全市基础测绘规划；根据授权开展全市测绘单位资格年检工作；管理全市的国家基础测绘基准和测量控制系统；组织管理全市基础测绘、测绘成果汇交、基础测绘规划备案和测量标志的保护；根据授权审核发布重要地理信息数据；实施基础地理信息社会化服务；制定全市地籍管理办法；拟订土地确权、登记、争议调处办法并监督实施，调处跨县（市、区）重大土地权属争议；承担各类土地登记资料的整理、共享和汇交管理；依据土地调查、监测、统计的规程、规范、标准，组织开展全市土地资源调查、土地登记、变更调查、遥感监测及土地统计工作；指导县（市）测绘、地籍管理工作。
（六）矿产管理和地质环境科。
组织实施国家矿产资源储量管理办法、标准、规程；拟订全市矿产资源储量管理办法，管理矿产资源储量评审、登记、统计；承担矿产资源补偿费征收、矿产地储备、建设项目压覆重要矿产资源管理的事项；承担矿业权评估和地质资料汇交管理工作；编制全市地质勘查规划并监督检查执行情况；管理地质勘查行业、地质勘查资质和探矿权市场；监督矿产资源勘查活动；承担探矿权、采矿权审批登记发证的管理工作；组织划定全市规划矿区，编制实施探矿权、采矿权设置方案；调处重大探矿权、采矿权权属纠纷；承担采矿权使用费、价款的征收和使用管理有关工作；组织协调、监督指导地质灾害防治工作；承担监督管理古生物化石、地质遗迹、矿业遗迹等重要保护区、保护地的工作；管理水文地质、工程地质、环境地质勘查和评价工作；组织监测、监督防止地下水过量开采引起的地面沉降和地下水污染造成的地质环境破坏；参与地热、矿泉水资源调查评价和开发利用的监督管理。
（七）执法监察科。
组织开展对国家土地资源、矿产资源、海洋资源法律法规执行情况进行监督检查；拟订全市土地、矿产、测绘执法监督和违法案件查处规定；受理群众对土地、矿产违法行为的举报；组织开展对土地、矿产规划的执行情况以及土地征收、征用，农地转用，土地资产处置，建设用地供应，土地、矿产资源的开发、利用与保护，土地和矿产资源的登记发证，土地、矿产资源市场的监督检查；依法组织查处重大土地、矿产违法案件；承担与国土资源有关的规范性文件的起草、修改和审核工作；组织有关法律法规的宣传教育；办理有关听证、行政复议、应诉等事宜；调研和起草全市有关土地资源、矿产资源的综合性政策建议；承担征地补偿安置争议调处有关工作。
（八）人事教育科。
负责局机关、派出机构及所属事业单位的机构编制和人事管理事项；承办县（市、区）国土资源主管部门领导干部的考核、任免及管理的具体工作；负责编制职工培训规划、计划，组织职工培训；负责本系统的职称管理工作。
