根据上述职责，防城港市港口区交通运输局设3个内设机构。

（一）防城港市港口区交通运输局办公室

负责文电、会务、机要、档案等机关日常运转工作；承担信息、安全、保密、信访、督查、政务公开工作；负责局机关及局二层机构计划生育和双拥优抚工作。

（二）防城港市港口区交通运输局财审股

负责局机关财务和国有资产管理工作；负责国有交通基础设施建设资金使用管理；负责局机关及二层机构的财务和固定资产管理规章制度建设；负责专项资金和局二层机构的财务审计和监督工作；负责交通运输行政事业收费的监督管理；指导局二层机构国有资产管理工作；参与审查重要经济合同；编制交通资金使用计划和预算；组织局机关及二层机构的财务核算、交通行业各项财务会计报表的填报工作；负责局机关及二层机构税收、财务、物价检查等工作；负责全区

交通系统财务会计工作的指导、服务和监督及内审工作。

（三）防城港市港口区交通运输局综合股（交通战备办公室）

负责组织拟订交通行业发展规划，参与拟订物流业发展规划；负责综合交通运输体系建设与发展协调工作；承担农村公路、水路基础设施建设、养护和安全生产监督管理工作；负责行业精神文明工作；负责局财务工作；指导全区交通运输、完善预防及农村公路、水路工程抢险救灾工作；依法组织协调或参与有关应急处置工作；承担局交通战备工作。