根据上述职责，麻栗坡县交通运输局设5个内设机构。

（一）麻栗坡县交通运输局办公室（人事教育股、财务股）

综合协调机关工作，搞好各项服务，保证机关有效运转。负责起草规章制度、重要报告和综合性文件；参与重大课题调研；负责文秘事务、政务信息、督办、保密、会议组织、接待、信访、档案管理、办公自动化及资产管理等工作；承办县人大代表、政协委员建议、议案、提案。承办党务、廉政建设、交通行业精神文明与行风建设、治安保卫等工作。

负责人事教育工作。负责机构设置、人员编制申报、管理，办理局管干部任免、调配、奖惩；办理干部职工工资调整、退休、享受待遇等申报工作；办理职改、职聘及干部职工教育相关工作。

贯彻执行交通行业财务管理法律法规、实施细则和管理办法，建立健全经济核算制度，汇总上报财务预决算，管好用好资金、资产，负责各项资金、规费的征收和解拨，监督下属单位国有资产管理。

（二）麻栗坡县交通运输局路政与海事管理股（政策法规股、地方海事处、航务管理所）

贯彻交通运输发展政策，研究提出交通行业改革与结构调整方案、措施；承办政策法规、行政执法监督、行政诉讼与行政复议、普法宣传教育培训相关工作；负责地方公路路政管理；组织宣传贯彻公路路政管理的方针、政策和法律、法规；依法管理、保护公路路产，受理、制止、查处违法利用、侵占、污染、损坏公路和设施、公路用地的案件；负责公路两侧建筑红线的管理、控制，会同相关部门审核公路两侧永久性建筑设施的划定；指导行业节能减排工作；承担麻栗坡县治理车辆超限超载工作领导小组办公室职责；承担麻栗坡县治理公路“三乱”领导小组办公室职责。

承担水路运输市场监督管理；负责贯彻实施水路运输、水上交通安全监督管理、防治船舶污染、船舶及水上设施安全检查、航运、航行安全保障的法规、政策和技术规范、标准；负责水上交通安全的监督检查，调查处理水上交通事故、船舶污染事故及水上交通违法案件；负责船舶检验、发证；负责船舶适航和技术管理以及通航秩序、通航环境的管理。

（三）麻栗坡县交通运输局计划统计股

拟订公路、水路、公路养护、汽车站（点）、港口、码头的中长期建设规划和年度计划并监督执行；研究国家、省、州交通基础设施投资政策，确保项目储备；负责公路建设项目前期工作、工程可行性研究报告编审和上报；负责公路、水路交通行业统计。组织行业统计调查、分析统计资料、管理统计资料数据，提供统计资料，实施统计监督。

（四）麻栗坡县交通运输局交通运输管理股（应急办公室、交通安全生产监督管理股）

承担城乡道路运输市场监督管理。贯彻执行公路运输法律法规、制度、标准和运营规范，拟订综合运输计划并监督实施；贯彻运价政策。承担城市客运、出租汽车管理职责。宣传、贯彻执行城市客运、出租车管理方针、政策、法律法规，拟订城市客运、出租车发展规划，依法监督管理城市客运、出租车企业和驾驶员，处理城市客运、出租汽车违法违章经营行为，调解相关纠纷；贯彻执行道路交通安全生产法律、法规、政策和标准；拟订道路运输安全生产应急预案，承担权限范围内的公路基本建设、道路运输安全生产监督管理职责。依法组织或参与有关事故调查处理；组织协调重点物资运输和紧急客货运输，负责有关抗震救灾工作；按照规定承担物流市场有关管理工作；承担麻栗坡县“路、站、运、管、安”一体化工作领导小组办公室职责。承担交通国防动员相关工作职责。

（五）麻栗坡县交通运输局基本建设管理股（农村公路管理养护股）

贯彻执行交通基本建设的法规、规章和行业技术标准。负责交通基本建设和公路养护的宏观管理。负责交通基础设施建设项目招投标管理；负责交通建设项目设计审查并监督项目实施。指导和监督工程环保设计、施工。组织交通建设项目交（竣）工验收。负责地方公路养护管理工作的指导和监督管理，指导各乡镇交通运输管理所业务工作。