1.办公室：协助领导管理机关日常工作，协调各股室及外单位工作关系，负责拟定机关内部管理制度并监督执行；负责机关重点工作督查、督办和思想政治工作；负责机构编制和人力资源管理工作；负责财务、资产管理工作；承办机关文电、会务、档案、机要等日常事务；负责综合性文件、材料的审核和信息宣传、政务公开等工作，承办接待和机关后勤服务工作。

2.建设管理股：负责编制交通运输基础设施建设规划和年度计划并监督执行；负责权限内的交通建设项目及公路重点养护工程的设计审批、施工许可、实施监督和竣工验收(行业安全监管）工作；贯彻实施交通运输科技发展政策；组织指导交通运输重大科技项目研究和推广应用工作。

3.运输管理股（政策法规股）：承担编制全区综合运输体系建设规划和年度计划并监督执行；组织客货运输市场调查，综合分析、预测交通宏观经济运行情况；指导服务道路运输行业协调发展；承担规范性文件合法性审查、行政行为合法性审查、行政复议、行政应诉等相关职责，组织起草我区交通运输规范性文件。

4.安全管理股：监督交通建设项目、公路运输、水路运输安全生产政策的执行；依法组织或参与有关事故的调查处理工作；负责交通运输系统应急预案的拟订和应急管理工作，组织协调重点货物运输和抢险、救灾紧急运输工作。承担渔船检验和监督管理工作。

5.交通战备股：负责全区交通战备管理工作，承担区交通战备办公室具体工作；规划本区内国防交通路网布局；拟订全区国防交通保障计划，组织国防交通保障队伍，为辖区内的军事行动和其他紧急任务组织交通保障；负责全区国防运力动员和征用工作；承担上级国防交通主管机构和区政府赋予的其他职责。承担文明创建，本系统的综治、信访和平安建设工作。