根据上述职责，市国土资源局设9个内设机构：
1.办公室
负责组织协调局机关的日常工作；负责调研起草或审核年度工作计划、工作总结、综合性的重要文件和材料；负责会议组织、文电处理、秘书事务、机要档案、综合调研、政务信息、宣传、精神文明建设、国土资源综合统计、年鉴、方志编撰工作和决定事项的督办工作；负责综治、保卫、保密、外事、接待、用印管理工作；负责车辆管理、水电管理、资产管理、基本建设工作和办公用品的购置维修工作；负责或协助制订各种内务管理规章制度；负责管理机关财务，拟订财务财物管理办法，编制和实施经费收支预结算；做好国土资源行政规费的征收和对直属单位财务的监督管理工作。
2.人事科（与纪检监察室合署）
负责和指导局机关、局属单位的机构编制、人事管理、劳动工资、福利保险工作；负责思想政治、职工培训教育、离退休人员管理、计划生育、工会、共青团、妇女工作；会同有关部门组织专业技术职务评聘；负责各县（市）国土资源局领导班子双重管理主管方的工作；负责局直属机关党委的日常工作；负责纪检监察及党风廉政建设工作；负责对局属单位财务的内部审计工作。
3.土地规划与耕地保护科
负责编制和组织实施市级国土规划、土地利用总体规划和土地开发整理等专项规划；指导和审核各县（市、区）、镇土地利用总体规划；参与报省人民政府和市人民政府审查或审批的城市总体规划审核；负责土地利用年度计划管理；负责建设项目用地预审；实施农地用途管制；组织全市基本农田保护区管理工作；负责审核补充耕地方案和农转用方案；负责新增耕地验收管理，落实耕地占补和动态平衡；拟订全市土地利用总体规划的实施、耕地保护及未利用地开发、土地整理、土地垦复等规定并指导监督实施。
4.土地利用管理科
负责国有土地使用权出让、转让、划拨、租赁、抵押、作价出租和集体建设用地使用权流转等交易业务的审核和监督管理工作，拟订、审核建设项目用地的农用地转用方案、征收（用）土地方案和划拨土地使用权处置方案；负责征地补偿标准区域性调整和制定项目用地征地补偿标准等事项的听证工作；负责指导农村集体非农建设土地使用权的流转管理工作；拟订地价政策，指导土地分等定级和基础地价、标定地价的制定与公布；核报地价评估机构资质，对地价评估结果组织检查验收并备案登记；负责建设用地的报批工作，审核、发布建设用地信息，负责临时用地的审批管理和全市闲置地的管理工作。
5.地籍管理科
统一管理城乡地籍工作，拟订地籍管理制度并监督实施；负责调查、统计土地资源；组织土地利用现状调查、动态监测、地籍权属调查、变更调查、土地证书查验；对土地确权、登记、发证工作实施监督管理；负责梅江区和蕉华、梅西管理区国有土地使用权、集体土地所有权、使用权和土地他项权利的登记发证和权属管理工作；负责地籍管理数据库建设工作。
6.测绘管理科
负责辖区内测绘工作的统一监督管理；负责编制基础测绘规划和年度计划并组织实施；负责制定测绘技术规定的有关工作，监督执行国家测绘技术规范和质量管理规定；管理和组织实施全市大地测量控制系统和市基础地理信息系统；审核管理测绘成果质量和地图编制出版；审查公开出版和展示地图的标示；依法实施测绘行业管理，加强对测绘成果质量和地理信息市场的监督管理，审查测绘单位资质，负责测绘纠纷仲裁；指导和监督测量标志保护。
7.矿产资源开发管理科
编制和实施全市矿产资源开发保护与合理利用规划；依法进行市级权限内采矿权的授予、登记、发证、延续、变更、注销的审批；承担市辖区范围内、蕉华和梅西管理区的采矿权审批和转让初审工作；组织采矿权招、拍、挂工作；组织矿山企业矿产资源开发利用年度检查；会同局办公室组织征收矿产资源补偿费、采矿权使用费、采矿权价款等国家规费；组织和指导调处重大采矿权属争议、纠纷；组织协同有关部门对辖区内的石矿、粘土的开采安全条件进行检查；对全市矿产资源开发、利用与保护实施监督管理。
8.地质勘查与环境科
编制地质勘查、地质灾害防治和保护地质遗迹规划，制订地质灾害防灾预案和年度工作方案，并对执行情况进行监督检查；组织地质矿产资源调查评价，承担探矿权登记的复函工作；对地质勘查活动进行监督管理；组织和指导调处重大地质勘查争议、纠纷，管理地质勘查成果；根据法律有关规定对矿产资源储量进行备案管理；指导地质灾害和地下水的动态监测、评价、预报工作；对建设用地地质灾害危险性评估报告和矿山地质环境恢复治理方案，组织调查重大地质灾害防治；负责认定地质遗迹保护区的有关工作和实施监督管理。
9.执法监察局
负责监督检查土地资源、矿产资源法律、法规的执行情况；负责拟订土地和矿产执法监督、违法案件查处有关规定；负责综合或审核国土资源管理有关规范性文件；组织、协调依法行政工作；负责国土资源管理有关行政事项听证和行政案件的复议工作；负责信访工作，受理和查处国土资源信访案件；负责对土地规划农地转用、土地征收、土地资产处置、土地使用权交易行为和矿产资源保护与利用规划的监督检查工作；依法查处辖区内的土地、矿产、测绘重大违法案件以及有关监督检查、行政处罚、行政强制等工作；负责辖区内国土资源动态巡查工作督查；配合有关部门和司法机关查处违反土地、矿产、测绘管理法律、法规的行为；承办上级交办的土地、矿产、测绘等方面的行政执法工作。
