水运交通包括河道航运、近海航运和远洋航运。水运虽然速度较慢，但运量大，成本低，在沿江、沿海城市交通中占有重要地位。影响河道航运的气象因素包括洪涝、干早、大风、雰、霾、冰冻等。

2001-2003年期间我国平均每年发生水上交通事故671起，死亡和失踪484人。干旱使河流水位下降到枯水位以下时将严重影响航运，2006年夏秋到2007年春季重庆市的持续干早，曾使嘉陵江一度断航，有些船舶被迫搁浅。海河流域过去通航里程曾达三千余千米，20世纪60年代以后绝大部分支流长年干涸，只剩下人入海口很短的一段尚可勉强通航。

洪涝时河流水位涨高，虽可通航，但有时安全标志和沿岸码头也被淹没，也会给航行带来一些困难。

浓雾天气容易发生船只相撞事故，如2000年6月22日早晨，四川省合江县榕建号机动短途客船在流水岩遇浓雾，驾驶员未按规定就近靠泊，加上严重超载和操作不当导致翻沉。船上221人全部落水，死亡和失踪130人。2007年春，南桂机035轮在航行中突遇浓雾，船长疏于瞭望，措施不当，在由广东佛山开往顺德途中偏离主航道，触碰325国道九江大桥的非通航孔桥墩，造成九江大桥部分桥面坍塌、南桂号轮沉没的重大事故。