水利工程建设管理体制是指在水利工程建设中，各级水行政主管部门以及在工程建设项目中相互联系、相互制约的参建各方之间的格局、配置和管理权限划分的制度。

从水利工程建设的特点出发，以正确划分中央、地方政府事权为原则，自上而下建立的水利部、流域机构和地方水行政主管部门的分级、分层次的建设管理体系，运用法律、行政等手段，对水利工程建设实施指导和监督管理 。

水利部是国务院水行政主管部门，对全国水利工程建设实行宏观管理、统一管理，其主要职责是:

①依据国家的方针、政策、法规，结合本行业特点制定水利工程建设的政策、法规和实施细则，并组织、监督实施。

②监督水利建设市场的规范运行。

③对水利工程设计、施工、监理、咨询等单位和人员的资质(格)进行管理。

④贯彻、监督基本建设程序的执行。

⑤建立质量监督站，加强对水利工程的质量监督。

⑥组织协调国家、部属重点水利工程项目建设。

⑦协同国家计划主管部门主持国家和部属重点水利工程的竣工验收。

省级水行政主管部门建设管理的主要职责:

①根据国家的方针、政策、法规和部门规定、规范，结合本地区、本行业的特点，制定适合本地区的水利建设政策、规定和实施细则。

②负责本地区水利工程建设行业管理。

③组织本地区以地方投资为主的大中型水利工程项目的建设和管理。

④为本地区的国家和部属重点水利工程建设创造良好的建设环境。

流域机构是水利部的派出机构，在水利工程建设管理方面的主要职责:

①受水利部委托，对本流域水利工程建设实施部分行业管理工作。

②对流域内的中央投资的水利工程项目负责建设和管理。

③协调、监督流域内水利工程建设。