为了对每个水利建设项目进行深入细致的经济分析，应拟定几个方案进行比较，然后选定其中最优的方案。拟定的各方案应具备下列的可比性：①研究的深度基本一致；②计算费用和效益的价格标准应当一致；③各比较方案的经济分析期（见资金的时间价值）应当相同，如各方案的经济寿命不同，可采用各经济寿命的最小公倍数作为共同的经济分析期，并采取相同的起始基准年；④采取同一的资金时间折算率。
各方案之间的关系有两种不同的类型。一是相互独立的，甲乙方案可同时独立存在，选定甲方案并不妨碍选定乙方案，如资金充分也可同时选定甲乙两方案。一条河流上的灌溉工程和另一条河流上的水电工程，就是相互独立的。二是互斥的，选定其中一个方案就不能选定其余方案。例如一个坝址的水电工程，选高坝方案就不能选低坝方案，它们构成互斥的比较方案。
