经济分析所采用的费用和效益数据，在估计时存在一定的误差和不确定性，应当进行不确定性分析，以了解各种因素(如投资、工期、效益等)的变动对评价指标的影响程度，并估计可能承担的风险。不确定性分析包括敏感性分析和概率分析两种。
计算工程项目由于所估计的投资、工期和效益发生一定的误差所引起对经济评价指标的影响。如投资增加20%，对内部回收率或效益费用比的影响。可进行单因素的影响分析，也可进行多因素的综合影响分析。
防洪、灌溉及水力发电等水利工程的各年效益及其运行维修费用，随当年的水文情况而有所变化。可根据过去多年的水文观测资料，进行概率(频率)分析，以计算净效益的期望值（或多年平均值），并估计在指定的运行期限内，达到所计算的经济评价指标的可能性。这种可能性一般用概率加以表示。
