《水利水运工程学报》被《中文核心期刊要目总览》确认为核心期刊，并被收录为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）；已加入《中国学术期刊（光盘版）》（中国知网）等中文科技期刊数据库（全文版）；被美国《剑桥科学文摘（自然科学）》CSA（Natural Science）、《乌利希期刊指南》等中国以外多家重要检索系统收录并列为来源期刊。
据2018年5月23日中国知网显示，《水利水运工程学报》共出版文献2839篇。
据2018年5月23日万方数据知识服务平台显示，《水利水运工程学报》载文量为1407篇。
据2018年5月23日中国知网显示，《水利水运工程学报》总被下载321451次、总被引18220次；（2017版）复合影响因子为0.684、（2017版）综合影响因子为0.476。
据2018年5月23日万方数据知识服务平台显示，《水利水运工程学报》被引量为8319次、下载量为27750次；据2015年中国期刊引证报告（扩刊版）数据显示，《水利水运工程学报》影响因子为0.76，在全部统计源期刊（6735种）中排第1700名，水利工程（72种）中排第8名。
据2018年5月23日中国知网显示，《水利水运工程学报》是Caj-cd规范获奖期刊。
