由于社会制度的不同，各国水利经济学所遵循的原则和方法也不尽相同。中国的水利经济学，在坚持社会主义制度的前提下，吸收各国经验的合理部分，结合中国的情况不断加以发展。

①以社会主义初级阶段的经济原则为指导,包括:多种所有制并存，所有权和经营权分离；实行在计划指导下的商品经济；尊重价值规律和供求规律；引进竞争机制，鼓励横向联合；按劳分配，责权利结合；提高经济效益等。

②对水利建设实行加强经营管理，讲究经济效益的方针，并全面考虑社会、环境和政治效果。

③考虑资金的时间价值，加快资金的流通周转，减少资金积压。在进行水利建设项目的经济分析和财务分析时，要将不同的资金按复利公式折算为同一时间的数值，进行比较。资金的折现率，按资金供求情况及建设项目的性质，由国家合理确定。

④正确估算水利工程费用和水利工程效益。对完工以前的建设投资和完工以后的每年运行维修费，以及可能取得的直接效益和间接效益，应进行正确的估算，以避免重复、遗漏、夸大、缩小等现象。

⑤水利建设项目要经过经济分析和财务分析以评价其可行性。对于非赢利的水利工程以经济分析的结论作为方案取舍的主要依据。水利工程经济分析是从国家整体的角度，考察工程项目需要国家付出的代价和对国家的效益，以评价其经济可行性。由国家给予的补贴和向国家交纳的税金等，都被视作内部的转帐支付，不计入效益或费用。但在计算费用和效益时要用影子价格、影子工资和影子汇率以反映其真实的价值。水利工程财务分析是从工程投资者的局部角度，按实际收支的账目考察盈亏状况和投资偿还能力，以评价其财务可行性。

⑥采取效益费用比、资金内部回收率作为评价的主要指标，以投资回收年限、投资利润率等作为辅助指标。

⑦对经济分析和财务分析成果，要进行不确定性分析(包括敏感性分析和概率分析)，以了解由于工期、价格等因素的估计误所产生的影响。

⑧对综合利用水利工程，应采取合理方法进行投资分摊，并通过协商确定各目标的分摊比例。

⑨对流域或地区的水资源开发及综合利用水利工程的规划，采取优化技术，以寻求最优的组合方式、最优的修建次序以及最优规模和最优运行方式等。

⑩对各项水利工程所提供的产品(如供水供电)和服务(如改善航运和除涝)，应在核算成本的基础上，考虑支付能力及公平原则，向收益明确的对象收取费用。对于大范围受益不明确的对象（如防洪保护或水质改善），则作为公益事业，由国家负担其费用。