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1987年，水利部中国科学院水库渔业研究所成立，同年11月，水利渔业专业委员会成立大会在安徽佛子岭水库召开。
2004年7月，经水利部和中国科学院同意，并报中央编制委员会批准，水库渔业研究所正式更名为水工程生态研究所。
2005年1月，水利部中国科学院水工程生态研究所在武汉举行成立仪式，同年10月。水利渔业专业委员会正式更名为水生态专业委员会。
2017年1月，长江水利委员会批复成立“水工程生态研究所水生态监测中心”。
1987年，水利部中国科学院水库渔业研究所成立，同年11月，水利渔业专业委员会成立大会在安徽佛子岭水库召开。 
