水利部中国科学院水工程生态研究所人员编制

根据2020年4月研究所官网显示，水利部中国科学院水工程生态研究所有在职职工150人，其中具有博士和硕士学位达80人，占比超过50%，有研究员（教授级高工）22人、副研究员（高级工程师）45人。

水利部中国科学院水工程生态研究所科研部门

根据2020年4月研究所官网显示，水利部中国科学院水工程生态研究所设有4个管理部门，6个科研部门， 2个支撑与服务部门。此外，研究所是农业部全国渔业生态环境监测网的全国水库渔业生态环境监测站成员，是农业部濒危水生野生动植物种鉴定单位，是中国水利学会、中国环境科学学会、中国水产学会等学术机构的理事单位。

省部级重点实验室：水利部水工程生态效应与生态修复重点实验室

省部级试验基地：水利部水生态与生物资源研究试验基地

所属研究室：水生生物学研究室、保护生物学研究室、应用生态学研究室、生态水文学研究室

所属技术支撑与咨询服务部门：信息中心、实验中心（水生态监测中心）、生态技术工程中心

水利部中国科学院水工程生态研究所合作交流

根据2020年4月研究所官网显示，水利部中国科学院水工程生态研究所邀请了法国、美国、日本、荷兰、澳大利亚、俄罗斯、丹麦、荷兰、加拿大、德国、意大利、新加坡、伊朗、韩国、缅甸等国家科研院所的外籍专家50余人进行学术交流，来自澳大利亚堪培拉大学河流景观实验室的青年志愿者和英国南安普顿大学博士生来研究所进行了访问研究；同时，选派科研人员40余人次参加各类国际学术会议或出国短期培训。世界鲟鱼组织在研究所设立了中心站，与法国图卢兹大学、英国南安普顿大学、国际河流科学学会、丹麦环境中心、美国费罗姆学院等科研院所建立了长期的学术交流机制。

根据2020年4月研究所官网显示，水利部中国科学院水工程生态研究所承办了在中国武汉召开的过鱼设施效果监测技术国际研讨会、第六届世界鲟鱼大会、中国-荷兰过鱼设施研讨会、中国-德国生态系统功能与生物多样性保护策略研讨会、中美生物早期预警系统应用技术研讨会等大型国际学术研讨会，与国际发展研究中心水库渔业研究项目交流、与欧盟联合举办了多期水生态监测与保护培训班等。作为中国水利学会水生态专业委员会挂靠单位承办了中国水利学会2017年学术年会“水生态”分会场、中国水利学会2008年学术年会 “水利工程建设与生态保护的协调发展”分会场，协助水利部综合事业局承办了中国水利学会2012年学术年会“水生态环境保护与水利风景建设”分会场，举办了20余期水工程生态系列讲坛。

根据2020年4月研究所官网显示，水利部中国科学院水工程生态研究所与三峡集团、江西省水文局、长江科学院、南京水利科学研究院、中国水利水电科学研究院、湖北省环境科学研究院、中国科学院水生生物研究所、中国科学院武汉植物园、河海大学、北京大学、北京师范大学、武汉大学等部门、单位和高校开展了科研交流，达成了部分合作意向。