（一）指导思想
以党的十六大精神为指导，贯彻落实可持续发展战略、依法治国方略、水法规和中央治水方针，根据水资源的特点和市场经济的要求，优化水资源配置、提高水资源的利用效率和效益、保护用水者权益，建立健全我国的水权制度体系，为实现水资源的可持续利用、以水资源的可持续利用支持经济社会可持续发展服务。
（二）基本原则
1．可持续利用原则
建立健全水权制度，必须坚持有利于水资源可持续利用的原则。要将水量和水质统一纳入到水权的规范之中，同时还要考虑代际间水资源分配的平衡和生态要求。水权是涉水权利和义务的统一，要以水资源承载力和水环境承载力作为水权配置的约束条件，利用流转机制促进水资源的优化配置和高效利用，加大政府对水资源管理和水环境保护的责任。
2．统一管理、监督的原则
建立健全水权制度，必须贯彻水资源统一管理、监督的原则。实施科学的水权管理的前提是水资源统一管理。水资源统一管理必须坚持流域管理与行政区域管理相结合、水量与水质管理相结合、水资源管理与水资源开发利用工作相分离的原则。
3．优化配置原则
建立健全水权制度，必须坚持水资源优化配置的原则。
要按照总量控制和定额管理双控制的要求配置水资源。根据区域行业定额、人口经济布局和发展规划、生态环境状况及发展目标预定区域用水总量，在以流域为单元对水资源可配置量和水环境状况进行综合平衡后，最终确定区域用水总量。区域根据区域总量控制的要求按照用水次序和行业用水定额通过取水许可制度的实施对取用水户进行水权的分配。各地在进行水权分配时要留有余地，考虑救灾、医疗、公共安全以及其他突发事件的用水要求和地区经济社会发展的潜在要求。国家可根据经济社会发展要求对区域用水总量进行宏观调配，区域也要根据技术经济发展状况和当地可利用水量，及时调整行业用水定额。国家还要建立水权流转制度，促进水资源的优化配置。
4．权、责、义统一的原则
建立健全水权制度，必须清晰界定政府的权力和责任以及用水户的权利和义务，并作到统一。权利和义务的统一是国家通过水权配置，实现用水权利社会化成功与否的前提，也是水权流转成功与否的前提。
5．公平与效率的原则
建立健全水权制度，公平和效率既是出发点，也是归属。在水权配置过程中，充分考虑不同地区、不同人群生存和发展的平等用水权，并充分考虑经济社会和生态环境的用水需求。合理确定行业用水定额、确定用水优先次序、确定紧急状态下的用水保障措施和保障次序。与水资源有偿使用制度相衔接，水权必须有偿获得，并通过流转，优化水资源配置，提高水资源的效用。
6．政府调控与市场机制相结合的原则
建立健全水权制度，既要保证政府调控作用，防止市场失效，又要发挥市场机制的作用，提高配置效率。
